药师本愿经讲记
太虚大师讲述
学僧竺摩记
──二十三年六月在宁波育王寺──
释迦世尊，于娑婆秽土，刚强难化之众生中，诞生成道，垂范四生，度脱九界，其无畏勇猛之精神，诚为不可思议者矣！故当时所摄化之大小乘弟子，无不具慈悲喜舍，四摄教化，狮吼象步，超然死生，游戏神通，净佛国土。《法华经》云：“众生见劫尽，大火所烧时，我净土不烧毁。”此为释迦世尊，及其化众，即于娑婆秽土，以建立其净土者；犹弥陀之极乐净土，药师之琉璃光土。盖十方诸佛，无不本其因中所发之无畏大愿，所修之勇猛妙行，行圆愿满，果上之主伴功德备，依正庄严成，而清净国土由之建立。
中国之有佛教，二千余年，于言教知见上，有历代古德之开扬，微言大义，得以不坠；唯于身教行为上，渐失伟大雄壮魄力，内枯无畏之精神，外鲜有力之德行，缺之自主，依傍他家，不能修诸佛自力之行愿，荐去净佛国土。故求生极乐之净土宗，于中国特殊发达，速死之心，切于延生，佛教至此，全成为消极颓废，失其活泼生机之天趣，如半身不活之人，非依墙靠壁，不能自立，虽有高深玄妙之教理，不能启发人生之愚昧，履霜坚冰，由来渐矣。
唯我亲教太虚大师，秉释迦世尊之行愿，现弥勒菩萨之化身，于此风雨凄迷，人心堕落之际，高踞狮座，发行正令，提示平展佛教教理为纲宗，创唱建立人间净土为归趣，二十余年来，靡间一日，作此深大行愿之运动。兹者受四明育王寺之请，讲《药师本愿经》，师述讲此经‘三因缘’中谓：释迦世尊，“将济生之事，付与东方之药师；度死之事，付与西方之弥陀。”又谓：“然此资生之佛教，即为释迦付托与药师之法门，而说明在此经中者；此于过去专重度亡之佛教，有补偏救弊之功能，尤合于现代人类生活相资相养之关系。”又谓：“故今日之学佛者，应将药师如来如何发愿修行之方法，牢记于心，孤掌难鸣，众擎易举，集众人之力量，方可转此污浊恶世娑婆，为清净琉璃也。”亲教大师，将个己之扶颠救危之一片婆心，缩写于此数语中；将十方诸佛自觉觉他之行愿，亦揭示于此数语中；久为一般佛弟子所遗忘之‘资养现实人生之佛教’，亦活跃于此数语中。至于师之妙无碍辩，海翻波腾，作如理如量之说法，自有本《讲记》为证，无须赘述。将见此后佛弟子之教行，药师与弥陀并重，资生与度亡齐修，而人间净土，即以本《讲记》立其基础焉。
芝峰愚钝，曾承亲教大师之命，于‘药师加被益’之‘闻名得益’一文，代讲三天，深惭意未融真，义未显理，白圭之玷也。
四明延庆寺弟子芝峰谨序
今讲此《药师琉璃光如来本愿功德经》，可有三种因缘：
甲、近人学佛注重现生应用
人生在世之大事，莫过生之与死，而最难解决之问题，亦唯生死而已矣。是以诸佛兴世，无非将自己所证知的如何解决生死问题之经验与方法，宣扬开示，使一切众生依之实行，而得解决人生最难解决的生死问题。如释迦世尊之降生为娑婆教主，应此界之机，示现成佛说法等事，其所为之目的，即使吾人由之而对生与死之问题获得相当的或究竟的解决办法。故吾人称释迦为本师，通常皆目之为“三界导师，四生慈父”，凡佛弟子，皆奉为根本之师，亦以现今世上所流传之佛法，皆导源于释迦佛也。
但中国诸大丛林之大雄宝殿中，皆供三佛，中供释迦，其左右兼供药师与弥陀者，正显释迦在此界为主中主，药师弥陀为主中宾。主中主者，乃如如不动之无为妙体，虽无为而无不为，一切诸法莫不依止此，一切作为咸皆归向此，故能达生死本空而究竟解脱者，即为主中主，而更不须他求。然对世界众生之未了生死者，从如如不二之妙体中，开出药师与弥陀之两大法门。将济生之事，付与东方之药师；度死之事，付与西方之弥陀。盖东方位四方之首，居四季之春，生长万物，故资生延寿之事属之；西方位四方之三，居四季之秋，万象萧条，故救死度亡事属之。是知药师弥陀，乃从此界释尊全体所起之大用，虽有消灾度亡之别，摄用归体，咸不外乎无为而无所不为之释迦佛；而体用别论，亦不妨列有三佛也。
中国自唐宋以来，于佛法注重救度亡灵或临终往生，偏向弥陀法门，故以弥陀法门，最极弘盛。中国人有不知释迦与药师之名者，而弥陀则人人皆知，可见唐宋后之中国佛教，偏于度亡方面，信而有征矣。由此之故，社会人民往往有认佛教为度死人之所用；死后方觉需要，而非人生之所须，是甚昧于佛教之全体大用。
近年以来佛教渐普及于中国现社会各界人士中，种种经营建立佛教之团体，且依之修学者，不乏其人，尤其注重于应用到现代社会之新佛教精神，如办佛教孤儿院，义务学校，施医所等社会公益事业，改善家庭社会之生活，使一般人于现生中得佛法之益。过去偏重于荐魂度鬼之佛教，已一变而为资养现实人生之佛教矣。然此资生之佛教，即为释迦付托与药师之法门，而说明在此经中者，此于过去专重度亡之佛教，有补偏救弊之功能，尤合于现代人类生活相资相养之关系，故今有讲此经之需要。
但人生依是药师弥陀二佛，对于生死二事虽得相当办法，然究竟办法，仍在直达如如不动之主中主释迦佛。此即真如法界，人人本具，各各不无之天真佛也。若能契会于如如理，则真如境内，本无生佛假名，平等慧中，何有自他形相，涅槃生死，等同空花，是则第一义谛中尚觅生死了不可得，何有生死大事之欲待解决耶？良以无始不觉，飘堕于如梦幻泡影之生死海中，旋转无已，此诸佛所以出世，佛教所由建立也。由是而体达生死本空，了不可得，固毋须向外他求；若或生存之欲求未尽，则须仗药师法门而消灾除难，成就福寿，即此人生，可得无上利乐。如由父母妻子之相资相生，即成家族，由各个家族相助相养，即成社会，由维持社会秩序，即成国家，乃至诸国互济相资，即成全人类世界。不但此也，即宇宙间之形形色色，动物植物，皆有相生相养相资相成之关系，而构成有情与器世间也。
复次，世界既有成住坏空，则众生栖息其中，亦有生老病死，死生生死，生死流转，故无生而不死或死而不生者，所谓“死者乃生之始，生者乃死之终”，正明生死不断。而生时即有父母、妻子、朋友、家族、社会种种关系，若能依此消灾延寿之法门，作种种资生之事业，则生之问题解决矣。然死后须随善恶业因，升沉于天上、人间、鬼、畜、地狱，若依出世三乘教法修行，即得超越轮回六趣，或依弥陀法门而得生净土，则死之问题解决矣。故人生时则有相资相生之关系，依佛教法，得消灾延寿之益；临命终时，则转生善道，或往生净土，乃至六亲眷属，广作佛事，水陆空行，超度亡灵；而人世之生死二大事，均有办法矣。
故于释迦佛法中，济生之事，须藉此经；度死之事，乃属《弥陀》等经。今欲将唐宋以来偏重度亡之佛教，变为适应今日现实人生之佛教，以逗近人学佛注重现生应用之机宜，乃提倡讲演此经之第一因缘也。
乙、中国名东震旦土即为东方世界
药师佛所住之东方琉璃世界，乃以此娑婆世界为标准而言。谓从此界东去经十万殑伽沙（恒河沙）世界，有一国土，名净琉璃，其佛名药师琉璃光。此以佛眼视之，十万殑伽沙世界外之世界，亦犹吾人视法堂前之舍利殿耳；而在凡夫观来，渺渺茫茫，不可捉摸，非特想像不能及，即言说文字亦莫能到，入于不可思议矣。但依佛法而随顺凡夫心量，不妨将广大之事，缩小而说。假如以释迦佛降生之中印度，当为娑婆世界，则从中印度经东印度及诸小国，而至东震旦土，（亦译支那、天竺、身毒、真丹。震旦者，八卦东方曰震，东方日出曰旦，皆符万物生长义。）则东震旦土即可视同东方琉璃世界也。不但此也，即此世界人类之思想、文化、道德观之，吾人所居之东震旦土，亦与东方琉璃世界之药师法门相符。盖吾中国之思想文化，如孔、孟、老、庄等学说，及尧、舜、汤、武、周公等古圣先贾，皆重于人生道德、修养、修身、齐家、治国、平天下等，皆现生之事。若由中印度而西之天方、犹太、埃及、希腊、罗马等古国视之，就其所倡之摩西、基督、回回等教，说世界人类为上帝所创造，人生在世无别事，只求死后回复到上帝之天国，故其对现实人生更不求办法，唯一之目的，在求上帝哀怜早生天国，故皆偏重于死事。
由此将范围缩小观之，以中印度为娑婆，由中印度而东至震旦土，宛然东方之药师琉璃世界也。且其注重资生事业，尤皆与药师净土极相符合；中印度而西至犹太、罗马等，偏于度死之事，正近似于西方极乐世界之往生法门。由是观之，今东方中华民族之东震旦国，其民族性，及古圣先贤之道德文化，皆与琉璃世界之药师法门相宜，乃提倡讲演此经之第二因缘也。
丙、依药师琉璃世界建立新中国及人间净土
依据前二义以合明之，谓此《药师经》中释迦佛说，东方有琉璃世界，其世界有药师琉璃光如来；其世界如何严饰，其佛因地时如何发大愿利乐有情而得此报，乃至于中，有日光月光等菩萨住其中。若近摄之为东震旦土，即可视为现今中国人民之理想国。如何实现此理想国？则佛教中所谓“三界唯心，万法唯识”，依吾人心理中所想像之琉璃世界为模型，如工程师之先有计划图样，依之而施建筑工作，则此东震旦土，亦即可成为琉璃世界。故愿吾国人民，应以琉璃世界为理想国，定为趋向之标准；依药师之本愿，而发愿，使将来世界如何如何，集修众行，则因圆果满，琉璃世界实现匪遥矣。
再推广言之，以今世交通所及之地球人类，概依药师如来如何发愿修行而成琉璃世界之方法行之，则人类之理想世界，亦不无实现之希望也。故今日之学佛者，应将药师如来，如何发愿修行之方法牢记于心；孤掌难鸣，象擎易举，集众人之力量，方可转此污浊娑婆为清洁琉璃也。以今日重重困陷于水深火热中之中华人民，尤宜急依此法，以求安全之出路；即今全世界人类，斗争炽然，人命朝不保夕，亦唯依此药师消灾延生之法，乃能转祸为福，是则提倡讲演此经之第三因缘也。
依此《药师经》而作延生法事，虽尚流行于中国；然能讲解修行者，则如凤毛麟角。就吾数十年足迹之所至处，皆未遇见讲习此经，今能于此释迦如来舍利道场之阿育王寺宣讲此经，亦诚为现代佛教中极可纪念之一盛事也。
太虚大师讲，学僧竺摩记，廿三年四月于宁波阿育王寺
二 释名题
甲 分释
1.药师 药师者，即吾人日常所诵之消灾延寿药师佛。药师、乃梵音“裨杀社窭噜”之义译，亦可称为大医王佛。所谓佛为无上医王，拔除众苦，善疗诸病，故以药师为喻。药乃世间治病之物，例如药店中所陈列之药品。但以佛法言之，不惟人于得病时方吃药，凡世界众生无时不浸在惑业苦之病中，身心充满诸病。若身病，则有世俗药物可治；若心病，则须以法药对治之。在药之意义上说，药是治病之物，若无病则非药，故从无病非药之反面，而显有种种治病之药。然亦不外二种：一、治身病之物药，二、治心病之法药。
物药者，即世间治身病之药。中国自神农尝百草制药以来，为物药之发源。但物药非唯草木等植物，即金土炭石等矿物，飞禽走兽等动物，皆为制药之原料。吾人试检店中所制之药，其要素原料皆不外乎此矿物、植物、动物之三种。但依药病之本义言之，则唯病时为病，药时为药，此属狭义。若广义言之，则寒而需衣，饿而需食，倦而需住，困而需行，乃至旅行惫倦以舟车代步，睡眠来时以床座歇息；此饥、寒、困、倦等无非是病，此衣、食、住、行等无非是药。总之，人生之有需要，无非是病；所需要者，无非是药。故众生充满诸病，宇宙万物莫非药也。此以普贤菩萨与善财童子之一段问答因缘，更可显明药与非药之义意：一日，普贤命善财入山采药，凡能为药之草木，皆可采来。而善财踏遍山岩，徒手而归。询之，则言满山皆药，无从采起。普贤又命入山，将非药者采来。善财依然空手而归。再诘之，则见满山，又皆非药，亦无从采起也。此其从是药之心视之，故满山皆药；从非药之意看之，故满山皆非药。是知药与非药，全在医生之得当与否，得当则砒霜亦可为药，不得当则人参亦能死人。故从广义言药，虽宇宙万物皆可为药之原料；若不经医生配制，矿植等物又皆非药。药须经医生制方配成，方可治病。又药中复有丸、散、膏、丹等已制成之药，此即所谓“祖传秘方”，“配时虽无人识，良心自有天知”，随时可以治病者。综上而知物药不外三种：即有矿、植、动物等为药之原料；以之有按方制配之药；有丸、散、膏、丹等已成之药。
法药亦有三种：一、经律论，二、五乘、三乘、一乘，三、陀罗尼。佛依众生而施设经律，皆为对治众生身心之病。众生堕无明惑，得业报身，充满诸病，佛说诸经、诸律广为医治；乃至菩萨、声闻结集经律，造论申义，真理重重，法门无边，取之不尽，用之不竭，亦犹充满宇宙间之矿植等物，皆为药之原料。虽然、众生有八万四千病，佛说八万四千法门，对机施药，方能治病，故有五乘、三乘、一乘之教法。五乘：即人乘、天乘、声闻乘、缘觉乘、菩萨乘。为人乘，则施五戒，十善之法，对治五逆，十恶之病；为天乘则施四禅、八定等法，对治散心位中诸病。此二为出世三乘之基础，是必经之阶梯，故亦说为五乘共法。推而上之，复说出世三乘共法，使声闻、缘觉，依四谛、十二因缘等教法，灭除三毒烦恼，解脱生死病苦。声闻等所行四谛等法，虽属二乘，而为大乘之所共行，故亦曰三乘共法。又为一类发菩提心修大乘行之机，遂直施一乘不共之教。佛对众生之根性差别，而施五乘、三乘、一乘之法药，亦犹世俗医师，对病人而制方配药也。陀罗尼者，此云总持，总持无量教法；亦云遮持，遮一切恶病持一切善法。此能治一切病，亦犹物药中之丸、散、膏、丹为祖传秘方，不可示人。盖总持咒语，义不可解，且亦无须推寻其义；若能依之修持，身密结印，口密持咒，意密观想，三密相应，便得遂愿所求，解除生死，消灭过患，得大妙用。如此经中之药师咒，若能依之诵持，亦可消灾获福，有起死回生之功效也。综上药与非药，列表于下：
┌矿、植、动物
┌物药─┤制方配药
药─┤ └丸、散、膏、丹
│ │ ┌经、律、论
│ └法药─┤五乘、三乘、一乘
│ └陀罗尼
非药────○○○
师者，正显其能以物药、法药善治众生身心之病，谓之为师。古谓药师，义兼医师。前明矿植动物之物药，与经律论之法药，皆须得师调制，方可为药；若无师，药亦无。唐黄檗禅师所谓：“大唐国里无禅师”。复言：“不是无禅，乃是无师”，故以师为最要。世俗如神农、扁鹊等以物药治身病，即为物药之师；佛以种种法药善治众生之病，故为法药之师。地上菩萨对地前人言，亦称药师，而对佛言，亦为病人，盖微细无明未尽，犹须佛之法药治故。地前菩萨对二乘、人、天言之，亦称药师，对地上菩萨言，亦为病人。乃至人天对邪外众生言，亦称少分药师，但推而上之，实是病人也。唯邪外众生，但属病人而非药师。又九界凡圣，皆为病人，唯佛界乃为究竟无上之药师也。若从非师边言之，则邪外、人天等皆为非师，二乘、菩萨少分属非师，唯佛不在非师中摄。又佛之法身，遍一切处，随物应生，神变莫测。而自受用身，住佛自果功德。现他受用，应地上机，为地上师。现大化佛，应地前机，为地前师；现小化佛，应二乘、人天之机而为师；现随化佛，应人天及邪外之机而为师；是故唯佛一人，乃为究竟药师。今复以表明之：
师─────── 佛 ──────自受用佛┐法
│ 地上──────他受用佛│
│ 地前──────大 化 佛├身
│ 二乘──┬───小 化 佛│
│ 天 ──┘ │
│ 人 ──┬───随 化 佛┘佛
非师────── 邪 ──┘
2.琉璃光 琉璃光者，合梵华方言，梵音为“薛琉璃钵拉婆喝啰阇也”。琉璃、具云薛琉璃，或吠琉璃。平常闻见琉璃二字，即想到大殿中悬于佛前之琉璃灯的体质，其实不然。琉璃乃顺梵音薜琉璃相近而译，其义为青色宝，──即宝石中之蔚蓝色者。宝石即同宝玉，其体透明，如天青之色，有晶莹之质，表里洞彻，内外相映；所谓琉璃光者，即此天青宝中所含之净光。其为相也，如万里无云蔚蓝深青之天空，充满杲日光辉，由光明清净故，更显其高远蔚蓝；由高远蔚蓝故，更显其光明清净，可以仿佛似之。此无云无障之清空，即显绝言绝相之如如第一义空；于此如如第一义空中，充满般若之如如无分别智光，由般若无分别智照第一义空之境，同时由如如境而显如如之智，境智如如不二，即是青色宝光之琉璃光也。又四宝所成之须弥山，其覆于吾人所居南阎浮提之上者，即吠琉璃宝。吾人对高日丽天迥无云翳障隔之晴空，即为吠琉璃宝所放之青色宝光。此显离垢真如，或出障圆明之如来藏。盖由天空一切障翳净尽，所显洁无瑕疵之吠琉璃宝光，亦犹以般若无分别智，扫空无明惑染而照耀真如法界如来藏性也。复次、此琉璃光义，与今日中华人民所欲实现之理想目标，亦极相符；盖孙中山先生以青天白日为建立中华民国之国旗，此青天即琉璃宝，白日为琉璃宝充满之净光。佛陀说法，无不契理契机，此琉璃光尤深契第一义空境智如如之理性，与中华民族建立民国之机宜也。
3.如来 如来者，可综上药师与琉璃光二义而显之：如、即琉璃光，来、即药师。如即琉璃光者，不变不异谓之如；无二无分别，遍一切处，尽未来际谓之如。谓如如智契如如理，如如理冥如如智，理智泯合，故曰如如；亦即根本无分别智，证于根本无分别之真如妙性。此真如妙性，地前三贤、二乘未证，地上菩萨分证，唯十方诸佛究竟明证，犹吠琉璃宝光之纯净圆明也。来即药师者，诸佛契证真如妙性，自他平等，不可思议。但以十方众生，迷而不觉，妄想颠倒，未能证得。为欲令除颠倒之妄想，拨无明云雾而见佛日丽天，乃由大悲愿力，从真如性中来示成佛，应病施药，教化众生，此非来即药师乎！如来之梵音为“呾他揭多”；亦即余经“多陀阿伽陀，阿罗诃，三藐三佛陀”中之“多陀阿伽陀”。总之、约证真如妙性，皆属于如；在现身说法教化众生之来去生灭行住坐卧等仪相，皆以来义摄之。故如来者，来即非来，非来而来。自其来义观之，若行、若住、若坐、若卧等，皆即如而来；自其如义观之，若行、若住、若坐、若卧等，皆即来而如。故不于行住坐卧等中见如来，亦不离行住坐卧等中见如来，金刚经所谓：“如来者，无所从来，亦无所去，诸法如义，名为如来”也。
4.本愿功德 药师果上所成之功德庄严，皆出本因地中行菩萨道时所发之大愿；由此本因地中所发大愿而成果德庄严，故名本愿。但诸佛菩萨因地所发之愿，有通有别：通愿者，即“众生无边誓愿度，烦恼无尽誓愿断，法门无量誓愿学，佛道无上誓愿成”之四弘誓愿；亦可加“福智无边誓愿集”为五愿。然此第五愿已在第四“佛道无上誓愿成”中摄尽，盖所成之佛道，即福智两足尊也，故毋须再立第五之愿。此为十方诸佛菩萨所发之通愿。其于通愿中各有别愿者，即如弥陀之有四十八愿，药师之有十二大愿，乃至其余诸佛所发之八愿四愿等，皆为别愿。而诸佛菩萨所发通别之愿虽无量无边，不妨弥陀以四十八愿为本，药师以十二大大愿为本，乃至一一佛各有其根本愿，以摄其余诸愿为枝叶，故本愿又即根本愿也。
所谓发愿者，即普通所谓立志，志既立定，则抱有志者事竟成之决心，虽赴汤蹈火亦所不辞，以达到其目的为止。如普通人入学校，进教会等，亦须立志愿书，方能允可。志之所在，为成功建业之本因，故立志愿者，诚人生先决之问题也。诸佛菩萨因地发愿，亦复如是，誓愿既定，虽经艰难困苦而必具不屈不挠之牺牲精神，实现其所志之目的。但其所以与普通立志不同者，以诸佛菩萨因地中发上求佛智，下化迷情之愿，皆从清净心中出发。谓由五遍行中思心所，五别境中欲心所、胜解心所、慧心所，十一善中信心所等以成，非但别境之欲也。
又称为誓愿者，誓为誓约，正明志愿既立，复以誓约束，则非志愿完成不可。故平常所谓人之患者，患不立志，若志既立，必定成功。今菩萨既立众生无边誓愿度等志愿，虽经若干波折违碍，亦必有达到目的之一日。如江河百川之水，虽经山丘土石之阻而终汇于海，所谓“溪涧岂能留得住，终归大海作波涛”也。故自诸佛菩萨之通愿观之，其所发誓愿无量无边，而本此誓愿修行所证之果，其施设普济群生之法门，亦无尽无滞也。自其愿上之誓以观之，例如弥陀之愿成佛时，名称普闻，若闻我名皆得往生，若不得成，誓不成佛；则今日弥陀既已成佛，其所誓亦必成矣。又如水陆仪轨上每有“惟愿不违本誓”，此不违本誓，为保持人格信誉之要素，若违背本因誓愿，则即为自欺矣。即如中国古来之圣贤，凡有所为，务必躬行实践，成其志行。故学佛者，亦须先发誓愿，范围自己，督促自己，鞭策自己也。
复次、虽有本愿，必藉功行圆满，方使其本愿之得遂；如发众生无边誓愿度等四弘誓愿，则须修六度、四摄等诸胜行，功成果圆，方能实现众生无边誓愿度之理想；若无功行，有愿徒然！故平常谓发菩提心，修菩萨行：此菩提心，即上求佛道、下化众生之心；此菩萨行，即四摄六度等万行。四摄者：布施、爱语、利行、同事。六度者：布施、持戒、忍辱、精进、禅定、智慧。必藉此等功行圆满，方得果位庄严妙用，是即所谓功德也。功德、谓功家之德；但有功所显德，与功所生德：所显德者，即无为性德，如如本具，但因妄想执著覆蔽而不能彰显，若修六度等功行圆满，扫荡无明障翳，即显于本然性德也。所生德者，即如修六度万行，由布施故，得种种法财珍宝，乃至由禅定故得种种自在妙用。故由功行有所显德，亦由功行有所生德；而此二德，咸由本因地誓愿所起功行而成就者。故药师琉璃光如来之依正庄严果德，亦由因地本愿策发功行以圆满焉。
5.经 梵语修多罗，或素怛缆，此翻为经；直译其义为线。如布帛须经纬线而织成，散乱之花，线能贯穿；正喻法界诸法，生佛平等，不增不减，而众生迷故散乱忘失，不成体系，诸佛如证而说故，如握网之纲，贯穿而显现也。又、修多罗广则总包一切经典，狭则唯局十二部中修多罗部之直说者。又、佛时藉音言以闻法，初无写本，佛后由众弟子之结集，贯穿佛语，犹线串花而成经本也。经在中国训常，训法。盖古圣先贤之言教，足令万世奉为圭臬，而四海效作模范者，则谓之经；此与佛之修多罗相当，故译为经。又译契经，有契理、契机二义：契理者，佛之说法，皆与真理契合，为实相印与三法印印定，方可称经，否则、说同魔外。契机者，佛所说法为使众生开示悟入佛之知见，若不能悟他，等于废话，故须契机方得其用也。
乙 合释
1.药师琉璃光 药师琉璃光，正是此佛之别号，虽是别号，而此药师琉璃光，亦正为一切佛及菩萨共证共修之悲智。由大悲心故，倒驾慈航，应病施药，而为大药师，度无明颠倒之众生，出生死险恶之苦海，故成其为大悲药师。但独悲不能成事，须藉琉璃光之无分别妙智，方可成满因中不思议之本愿，而发生不思议之德用。由不思议之大悲，起无分别之妙智，由无分别之妙智，成不思议之大悲，则药师琉璃光之义彰矣。此以药师与琉璃光为并列之悲与智，即六合释中之相违释；若药师之琉璃光，即依主释；若药师即琉璃光，亦持业释。
2.药师琉璃光如来 药师琉璃光如来者，药师琉璃光，为此佛别名；如来，为诸佛之通号。其能有被称为如来之资格者，皆已五住究尽，二死永亡，位登妙觉极果，化被九界群机者。而此药师琉璃光，放诸佛自觉觉他之本领，应具尽具，故亦称为如来。但药师琉璃光为别义，如来为通义，摄通就别，依别名通，故今言药师琉璃光之如来，乃依主释也。
3.药师琉璃光如来之本愿功德 药师琉璃光如来之本愿功德者，正显此经乃说药师之本愿功德者；谓本因地中所发之誓愿而成果位之万德庄严，此亦为六合中之依主释。故经中文句，可合可分，分则每一文句各自独立，以表其义；合则如线串珠，可贯穿摄持也。
4.药师琉璃光如来本愿功德之经 药师琉璃光如来本愿功德之经者，此以能诠之言教为经，所诠之义理，为药师琉璃光如来本愿功德。所诠义别，唯局此经；能诠教通，通于经律论三藏中之经藏；依别名通，依主释也。若从广义言之，一切诸佛之教理行果，皆名为经；故此所说药师佛之义理行果，亦即是经。如此、则药师琉璃光如来本愿功德即经，亦持业释，故曰：药师琉璃光如来本愿功德经。
唐三藏法师玄奘奉诏译
此稽译史，即考此经译来之历史。佛经皆须考其译史者，明其来源，方可证信。中国之佛经皆出翻译，因佛降生于中天竺，当时以音声说法，原无经典，后经弟子结集，始有梵本文字。又印度文字，亦极复杂，而其古来最通用者，厥唯梵文，故中国经典，多译自梵文。但亦有其他文字，如南方之巴利文等。故中国之经典，有自梵文译来，有自巴利文译来；而大乘经典，多译自梵文。亦有从印度先传丘慈、于阗等国，而间接译来中国者，由梵语而成华言。但此经在中国曾经五译，今此流行本言唐三藏法师玄奘奉诏译，正为五译中之第四译。今略明五译之概史于下：
甲、晋帛尸梨密多罗译 在六朝之初，东晋之时，有西域三藏名帛尸梨密多罗者，此云“吉友”（善友之义），初翻此经，名佛说灌顶拔除过罪生死得度经。但无独立本，乃附于佛说灌顶大神咒经中。此经古有十二卷，今在清藏合订六卷，而属于最后一卷。此帛尸梨密多罗三藏，为中国密宗经典初翻之人。普通谓密典至唐善无畏、金刚智、不空等时始有，其实唐前已有；如大灌顶神咒经、大孔雀王经等，皆属密部。又谓唐前为杂密，言其未成系统，但此为唐人言论；其实、东晋吉友等翻大灌顶等经，亦为中国密典之丛书；而此师为中国唐前之极重密宗者，亦见其所从来之西域，其时密部已极流行，故翻译时，将此药师经，亦摄入大灌顶神咒经之最后品。故此大灌顶经，亦犹大宝积经之糅集多经而成，在此师译附于大灌顶经观之，固视为密宗之经典也。
乙、宋慧简译 此在东晋后，南北朝之刘宋孝武帝时代，有慧简法师，在鹿野寺再翻此经。名药师琉璃光经。今藏经中已佚此本，但古大藏目录中，尚载其名。又在达磨笈多第三译之序文上，亦叙述其事，故信有此译也。
丙、隋达磨笈多译 在六朝之末，隋文帝大业十一年时，达磨笈多复翻此经。达磨译法，笈多译行，即法行三藏所译。法行为主译，尚有余人为助译，故其经上表法行等译。名佛说药师如来本愿经。序因慧简之译，于梵文、华文未善，故作第三译云。
丁、唐玄奘译 今本题唐三藏法师玄奘奉诏译，即此第四译是。玄奘三藏于唐太宗贞观初年间，因感经典义理残舛，发愿入印求法，所谓策杖西游，周历诸国。居印度十七年，遍学大小乘教典。至贞观二十年外，重回中原，从事译经。在中国译经史上，翻译最多，亦最正确。今此药师琉璃光如来本愿功德经，即其所译。玄奘其名，三藏法师乃所称之德号；以其能通彻经律论三藏之法，依此为师，且能将三藏法广为宣扬为人天之师，故名三藏法师。其译经历唐太宗、唐高宗两朝。奉诏译者，即奉太宗或高宗之诏，建立译场。其翻译时，有度语者，笔受者，证义者，润文者多人，而以唐三藏为主，故标以斯名耳。
戊、唐义净译 自唐太宗后，经过唐高宗，至武则天朝，约在玄奘三藏后二三十年间，有义净法师者，踵法显之芳躅，慕玄奘之高风，遍游印度，归而复译此经，名曰药师琉璃光七佛本愿功德经。然玄奘既译此经，义净何须再译？其所以重译者，药师佛虽与奘译相同。而余六佛，则为奘译所无，故须重译。其译本今在藏中，上下两卷，七佛本事，备述其中。
总观其全文，初亦由曼殊室利菩萨，请佛说诸佛名号本愿功德，释迦佛乃告曼殊室利：东方去此，过四殑伽河沙佛土，有世界名曰无胜，佛号善名称吉祥王如来，彼佛国土，清净庄严，乃至初发心时，发八大愿等；此为第一大段之文。
复告曼殊室利：东方去此，过五殑伽河沙佛土，有世界名妙宝，佛号宝月智严光音自在王如来，乃至彼佛初发心行菩萨道时，亦发八大愿等；此为第二大段之文。
复告曼殊：东方去此，过六殑伽河沙佛土，有世界名圆满香积，佛号金色宝光妙行成就如来，乃至彼佛初发心时，发四大愿，及见众生苦恼，为除业障，即说神咒等；此为第三大段之文。
复告曼殊：从此东去，过七殑伽河沙佛土，有世界名无忧，佛号无忧最胜吉祥如来，乃至彼佛世尊，行菩萨道时，发四大愿等；此为第四大段之文。
复告曼殊：从此东去，过八殑伽河沙佛土，有世界名法幢，佛号法海雷音如来，乃至彼佛行菩萨道时，发四大愿等；此为第五大段之文。
复告曼殊：东方去此，过九殑伽河沙佛土，有世界名善住宝海，佛号法海胜慧游戏神通如来，乃至彼佛行菩萨道时，亦发四大愿等；此为第六大段之文。以上六佛，初二佛各发八愿；后四佛，各发四愿；此总为卷上之文。
其卷下之文，即从此娑婆东去，过十殑伽河沙佛土，有世界名净琉璃，佛号药师琉璃光如来，从初发心，即发十二大愿，且有咒语，皆与今本相同；惟药师佛说咒后之经文，较今本稍异。今本咒后之文，明闻药师佛名所获之利益，而彼则皆明闻七佛名号之利益，此其不同一也。又彼于药叉神将，闻七佛名号已，发愿卫护是法。时诸天人之众，有疑惑不信者，佛知彼等心念，即入惊召一切如来甚深妙定，十方世界六种震动，七佛应召来会证盟其事，为今本所无，此其不同二也。复次、七佛既来，即异口同声，说大神咒，其咒名如来定力琉璃光，亦为今本所无，此其不同三也。其后、执金刚菩萨，与释梵四天，复说一咒，亦为今本所无，此其不同四也。最后执金刚菩萨复说一咒，又为今本所无，此其不同五也。是故彼经共有五咒：即初、香积佛说除业障咒；二、药师佛说消灾咒；三、七佛说咒；四、执金刚与释梵四天说咒；五、执金刚说咒是也。
今大清龙藏中，尚有番字药师七佛本愿功德经，考其文义，与义净所译相同。昔人认作梵文，实为西藏文本，此谙藏文者，一见即知也。此西藏番字本，亦译自印度梵文，故与义净之译相同，今存藏中，即在净译之下。今听讲所用民国十一年之宁波版本，其说咒语，与旧本不同者，即自番本中录出。以其误认番本为梵文，故抄录之，然实非梵文也。如以“簿伽筏帝”为“八葛瓦帝”等，与西藏音相近，是其明证。又奘译无咒，其咒乃自净译中添入，而义净译自梵文，故知今所诵之咒，乃唐译梵音。
如上所言五译之同异，其药师佛之文旨大同，而与七佛详略差别。又中三译无咒，前后二译有咒，复加西藏之番字本；此为本经译传中国之略史。由是观之，初帛尸梨密多罗所译有咒，且属大灌顶经之一品，则此经属于密部。自第二、第三、第四，三译观之，既无咒语，复无说咒之文，则此经即近于净土经典。迄至义净之译，前后五咒，则此经又属密部无疑矣。由此五译之相异，亦可窥见佛教流行变迁史之一斑。盖帛尸梨密多罗来自西域，想其时西域密教已甚盛矣，而在印度、中国则未极流行。以宋、隋及唐玄奘时，印度中国皆大乘性相，法幢高建，故其译此近净土经也。及义净时，印度密教复盛，故其译时多添咒语，则此复属密部焉。此在佛经翻译史上，佛教因各处地域之异，各时趋势之别，亦随之而变易，然吾人亦正由是而可知佛教变迁之历史与情势矣。
由上说来，知今诵讲之流通版本，非全出玄奘所译，其咒乃从义净译本增入；即文句亦间参揉净译，故今本可说奘净二译之合订本。且民十一年之宁波版本，尚误刊“厌”、“魔”等数字，及在观世音菩萨等名上，增添南无二字，较诸旧流通本，不无出入。此乃总稽本经译史之概要也。
四 提网要
未讲经文之义，先提纲要者，如网得纲万目皆彰，如衣提领全襟齐直。闻者能握得此宗要，则全经文义，自可了然。通常解释经题，如天台之五重玄义，贤首之十重玄谈等，今在此经之释名题，考译史，提纲要亦可摄之。盖隋唐前诸德开讲玄要，本无固定的呆板方式，亦不斤斤乎五重或十重。其讲解时，每就各经之所宜，悬谈大义，今提纲要等，亦与其理相合也。此经之总纲，可作两大段观：一、智示药师依正行果，二、悲济像法转时有情。
甲 智示药师依正行果
此经之纲宗，可由曼殊与佛之问答中显示。如金刚经须菩提问佛：“云何应住？云何降伏其心”？由此两大问题，引起佛之解答，已将金刚经纲宗，昭然如揭。本经云：“尔时曼殊室利法王子，承佛威神，从座而起，偏袒一肩，右膝著地，向薄伽梵曲躬合掌，白言：“世尊！惟愿演如是相类，诸佛名号，及本大愿，殊胜功德”。此以曼殊之大智上求佛道，故作此问。由此问故，佛说药师佛之名号国土，及其本因地中行菩萨道时所发十二大愿，与夫果德圆成之依正庄严。此一大段文义，为本经上半部之纲要，亦即“药师琉璃光如来本愿功德”之所由立名也。
乙 悲济像法转时有情
曼殊之问，含有二义，初以大智感佛说药师本愿行果功德。次曰：“令诸闻者，业障消除，为欲利益像法转时诸有情故”。此由曼殊之大悲下济有情，故发斯问，感佛说药师本愿功德，使诸问者得大法益，拔除业障，消灾安乐。此皆由曼殊之大悲心所驱使而发问，故佛赞许言：“曼殊室利！汝以大悲，劝请我说诸佛名号本愿功德，为拔业障所缠有情，利益安乐，像法转时诸有情故”。故此一大段文，为曼殊大悲恩济像法转时之有情，为本经下半部之纲要。但此大段文中，又可分为两段：一、拔除一切业障，二、十二神将饶益有情。
1 拔除一切业障
(1)如来加被 此言闻说药师名号，本愿功德，依之修习，即可拔除一切业障，得大利益安乐，蒙佛加被，消灾延寿，故此经亦名拔除一切业障得度生死经。但此中亦可分二段言之：一、闻名灭罪往生，二、诵咒除病离苦。
闻名灭罪往生者，即诸愚痴无智众生，阙于信根，生造诸不善业，死招三途极恶之报，但由闻此药师名号本愿经故，使得灭罪往生。如云：“尔时、世尊复告曼殊室利童子言：有诸众生，不识善恶，惟怀贪吝，不知布施及施果报，愚痴无智，阙于信根，多聚财宝，勤加守护，见乞者来，其心不喜，设不获已而行施时，如割身肉，深生痛惜！复有无量悭贪有情，积聚资财，于其自身尚不受用，何况能与父母妻子奴婢作使，及来乞者？彼诸有情，从此命终，生饿鬼界，或傍生趣。由昔人间，曾得暂闻药师琉璃光如来名故，今在恶趣，暂得忆念彼如来名，即于念时从彼处没，还生人中”。此等经文，皆明由闻名灭罪，并得转生善道或往生净土者。
诵咒除病离苦者，上言闻名故蒙佛加被，拔除业障，得生善处。今明若能念诵药师真言，即可消除病苦，延年益寿。如言：“曼殊师利！若见男子女人有病苦者，应当一心，为彼病人，常清净澡漱，或食，或药，或无虫水。咒一百遍，与彼服食，所有病苦悉皆消灭。若有所求，志心念诵，皆得如是，无病延年。命终之后，生彼世界，得不退转，乃至菩提”。此言于此真言若自诵，若教人诵，皆得消灾获福者也。
(2)有情奉持 此言若人信受奉行诵读此经，即得获福免难与救命延寿之二种功德。
获福免难者，若能依教修行，受持此经，即于现实人生，获福免难。如云：“复应念彼如来本愿功德，读诵此经，思惟其义，演说开示，随所乐求一切皆遂：求长寿得长寿，求富饶得富饶，求官位得官位，求男女得男女”。此言读诵此经故，即于现生遂愿所求，获大福利。又云：“或有水、火、刀、毒、悬险，恶象、狮子、虎、狼、熊、罴、毒蛇、恶蝎，蜈蚣、蚰蜒、蚊虻等怖，若能至心忆念彼佛，恭敬供养，一切怖畏皆得解脱”。如是等文，皆言持诵此经，即得免除种种患难也。
救命廷寿者，上为佛说消灾周。此乃救脱延寿周。救脱菩萨为利有情故，示现种种延寿之法，使诸有情寿命相续。如救脱菩萨答阿难言：“大德！若有病人，欲脱病苦，当为其人，七日七夜受持八分斋戒，应以饮食及余资具，随方所办，供养苾丘僧，昼夜六时礼拜行道，供养彼世尊药师琉璃光如来，读诵此经四十九遍，燃四十九灯。造彼如来形像七躯，一一像前各置七灯，一一灯量大如车轮，乃至四十九日，光明不绝。造五色彩旛，长四十九杰手，应放杂类众生，至四十九日，可得过度危厄之难，不为诸横恶鬼所持”。此为救身病以延身命者；复有救国难以延身命，及救诸难以延诸命等文，皆救命延寿之法也。
2 十二神将饶益有情
此即药叉誓护周。十二药叉神将，因闻佛说此经功德，即发愿于后末世，拥护此经，利乐有情。所谓：“我等今者，蒙佛威力，得闻世尊药师琉璃光如来名号，不复更有恶趣之怖。我等相率，皆同一心，乃至尽形归佛法僧，誓当荷负一切有情，为作义利饶益安乐”。是故此经，亦名十二神将饶益有情经，不无所以也。以法临像季，道高一尺，魔高一丈，行者因魔障故，唐捐其功；故先以曼殊之智悲感佛说法，复得药叉神将拥护是法，诚难事也。昔之讲者，往往将十二神将之文判入流通，实则应归正宗：盖像法转时，荷负是法甚仗药叉神将，饶益有情；况释尊定此经亦名十二药叉神将饶益有情，理宜归属正宗分也。上来所言两大段文，由曼殊之大智，示药师佛之依正行果；复由曼殊之大悲，济渡像法有情；而此悲济像法转时有情文中，复分拔除一切业障与神将饶益有情二段，则此全经之总纲彰矣。
前来释名题，稽译史，提纲要之三科，可为经前之玄谈，但尤重于提纲要。盖提其纲要，则全经段落章句，昭然分晓矣。且菩萨之法，不外上求无上菩提，下济有情诸苦，故遍一切大乘经旨，亦可于此曼殊之问而显之也。
又如菩萨造论，意在自利利他，故经论中言其缘起时，皆曰“为正法住世，利乐有情故”。所谓正法，即诸佛菩萨因中所发之誓愿，藉此修行而得证佛果依正庄严；亦使闻者依此修持而得佛果者是。如此经所明药师因果功德，吾人依此修行，亦可同证。又菩萨不同凡夫自私自利，其一举一动，一言一行，皆以利乐有情为前提，普为众生，方是菩萨发心。故菩萨之行位愈高，其悲愿愈切，末世众生愈苦恼，则菩萨愈显其悲济之能事也。通常所谓“好医门前病人多”，菩萨亦复如是，病苦之众生愈多，愈为其深切悲愿之所关也。复次、像法多魔，不特出世善法不易建立，即世间善法，亦受邪魔外道袭击与觊觎而欲毁灭之。故此经实由诸佛菩萨之悲愿，与夫药叉神将之护持，得以建立世出世间善法于今日，使众生依而修持。自其属净典观之，则为随愿往生修行不退于琉璃净土；自其属密典观之，则可拔除业障消灾延寿于娑婆当人，故此经乃兼具净土、真言、无量法门之功德者矣！
甲一 叙请分
乙一 叙述证信
丙一 闻时主处
如是我闻：一时薄伽梵，游化诸国，至广严城，住乐音树下。
入文解释，须分段落，方显文义。中国自晋道安法师已来，皆以序、正、流通三科，诠释经文，妙能契合天竺菩萨释经之方式，故千百年来胥依循之。虽三科大旨相同，而名称不妨随宜而异；故今解此经，亦分叙请、正说、流通三分。自如是我闻下，为叙请分；自尔时佛告曼殊室利东方去此下，为正说文；自尔时阿难白佛言世尊当何名此法门下，为流通分。叙请文中，又分通叙与别叙；通叙为证信叙，别叙为缘起叙。今此即证信之叙，此证信叙，古来解释二家不同：一、出龙树大智度论，明六成就：如是、为信成就；我闻、为闻成就；一时、为时成就；薄伽梵、为法主成就；广严城、为住处成就；至下与大苾丘众等为听众成就。佛经有此六种成就，方可崇信。二、出亲光 佛地经论明五种证信，其言如是为指法之词，乃通指此经而言，如言如是之法，为我结集者所亲闻。
或如是之法，为当时佛在某处所说，而有法会大众之所共听。叙以证信，乃具五重：即一、如是我闻，为亲闻证亲信；二、一时、为说时证信；三、薄伽梵、为说主证信；四、广严城、为说处证信；五、与大比丘众等，为听众证信。此二解，虽稍有出入，然其理亦大致相同。今依五重证信讲之。
“如是”二字，集古德之解，有十七种，或二十一种之多。于中亦可作如此说：如者，维摩所谓：“一切法皆如也”。诸法缘生无性，当体如如，见此如如真理者为是，不见即不是，故曰如是。又佛说法，契理契机，契理即真为如，契机所宜为是。今解、结集者言：如是之经，为我亲闻，非辗转由他而闻，更非由外道天魔等而闻，乃依佛宣扬，为我亲闻。
此言我者，似与佛法常言无我、无人、无众生、无寿者之理相违，其实不然。以佛法言人法无我，乃无凡夫外道迷执之我，非无假名之我。凡夫众生上自天人，下至鬼畜，皆有俱生我执，恒执此五蕴业报之身为自我。而凡夫中之外道者，更于五蕴身上妄起计度分别我执：或计色为我，如言色大我小，我在色中；或色小我大，色在我中；或计受为我，或计想为我，或计行为我，或计识为我。如是等执，过患无量，故佛经说五蕴无我，即破此凡外妄计之我。金刚经云：“无我相，无人相，无众生相，无寿者相，无法相，亦无非法相”；此之谓也。但五蕴法虽无实我，亦不妨以我为五蕴和合假相之代名词，随俗称谓藉以辨别宾主，以便彼此呼应。如育王寺之名，本无固定之物，乃是由数百亩之山地，数百余之住众，及千百年来之仪轨等，众缘凑合而成之假相而已。故泛常亦称五蕴和合之假相为我，原无实体。今此言我，乃当时结集此经者，对法会大众之自称。但其与凡夫之称我不同，乃为无我之假名我，以内无凡外妄计之执故。金刚经所谓“如来说我者，即非是我，是名为我”；故此无我之我，纯为对机而称。又有深义者，此无我之我，乃诸法无我理所显之真如实性，此中无自他彼此相，无好恶是非相。结集此经之菩萨，深达此诸法空性而假呼我名耳。
闻者，依字义解，如平常言眼见耳闻等，则为耳根所闻。其实、耳根不能闻，闻者属耳识，不过以根为增上缘，声为所缘缘，识种为亲因缘，三缘和合，方能发识以闻。但耳识闻声时，无文义相，须待同时意识生起，方有文义相现，以成了别音义之用。故此闻之成就，操诸意识。是则由耳根发耳识，由耳识闻声音，由意识了别音义也。但既由根、尘、识三和合而闻，何不言耳等闻，而言我闻耶？然曰耳闻，则通诸耳，不能表现结集菩萨之亲闻；菩萨为举亲闻证信，故云我闻也。
一时者，即举佛说法之时以证信。其不指出某年某月某日某时者，因世界地域不同，年月日时随之而异，故不固定说为某时。如今地球上各国所用之历本，纪载时间，各各相异。即以中国言之，有阴历，有阳历，阴历之初一，非阳历之初一，阳历亦然。又如印度以初一至十五为白月，十六至三十为黑月，而以黑月之十六为初一，亦与中国适得其反。又佛说法，时而天上，时而人间，随众生之知解所见各异，放诸经中，皆不说定其时。今此所指之一时，即佛说此经结集菩萨与法众共听之时也。
薄伽梵者，为举说法主以正信。薄伽梵亦作婆伽婆，译音之异。其义为吉祥王、大威猛、极尊贵等等；因其含义甚多，故不翻译。中国译经，有五不翻，此为多含不翻。但亦有翻为世尊者，即经中──如来、应供至天人师、佛、世尊──十号中最后一号。亦有自如来至佛为十号，以世尊为总称佛之德号。盖佛于六凡、三乘世间中最极尊胜，所谓天中天、圣中圣是也。故此薄伽梵，即指佛而言。但佛为诸佛十号之通称，三觉圆，万德具，皆号曰佛；然以此土之教主为释迦佛，故只举一佛字时，即显为此土之释迦佛。若他土诸佛言此佛时，则须置释迦之名，方可区别。然佛佛道同，说此佛世尊，即通说十方诸佛世尊，说此佛法时，即通说十方诸佛之法，故佛常言：“住世四十九年，未曾说过一字”。正明此佛所说之法，乃为过现诸佛所同说之法。而吾人推崇本师，言此法为此佛所说，而佛实非以说法者自居；故说此佛所说之法，即过现诸佛所说之法，亦无不可。
游化诸国至广严城，住乐音树下者，此说佛说法之处所以为证信。佛自证菩提先至施鹿林中，为五比丘转四谛法轮，然后游化经摩竭陀国而至此广严城。诸国，于仁王护国经说十六国；或说佛灭度时，国王共争舍利；故知佛说，实有诸国。此指人间而言，若其游化天上及龙宫华藏等，广施法雨，化无量众，则诸国之所包广矣。广严城、即毗离耶城之译义。此城广大，人民丰富，楼阁修饰，极其庄严，故以为名。乐音树、为树名，其林木中，迦陵频伽出和雅音，微风吹动，天然歌乐，故以为名。此广严城，喻如宁波；乐音树则如宁波之阿育王寺。佛游化经此，即憩息树下说法，此为住处证信，亦犹今之开会讲经，必有其住处也。
丙二 听众法会
与大比丘众八千人俱，菩萨摩诃萨三万六千，及国王、大臣，婆罗门、居士，天龙八部，人非人等，无量大众，恭敬围绕，而为说法。
由前闻时主处，已可证信。但为流传千古，不使稍有怀疑，故此复引法会大众证信。如《弥陀经》等引众证信，并列其名，如长老舍利弗等，而今唯言比丘等众。苾刍与比丘音同，有言苾刍指香草，从喻立名。其实、同音译比丘。比丘译义甚多，而其本义，厥惟乞士。乞士者，乞食以活身命，乞法以资慧命。乞食以活身命者，依出家法，舍弃家产游化人间，乞食活命，随处宣教，度诸有缘，威仪端严，导俗敬信，令施食者广种福田，故乞食资身，属利他德。乞法资慧命者，乞求佛法，慧命相续，功德成就，乃属自利。具此二德，方号比丘。比丘众中，其无学者，为大比丘；未具戒者，有沙弥众。又依戒律，在家出家，各有男女二众。而此专指比丘众者，众、为僧伽和合之义。此大比丘众，已证四沙门中果，为众中上首故。此比丘众，数有八千。
复有菩萨摩诃萨其数三万六千者：菩萨、具云菩提萨埵。菩提、为无上觉，萨埵、为有情。正显菩萨初发心时，即上求正觉，下化有情。约四弘誓愿说：法门无量誓愿学，佛道无上誓愿成，为上求；众生无边誓愿度，烦恼无尽誓愿断，为下化。但约广义言，从初善心至等觉地，皆为菩萨。则此为初心耶？抑等觉耶？故以摩诃简别；摩诃为大，即大菩萨。自十信初心菩萨至初住位，复经十住、十行、十回向、至登初地即称大地菩萨，乃证诸佛菩萨所证之真如实际理地，方称为大；具无量义利故为多；居三乘之首故为胜；具此大、多、胜、三义，方是菩萨中之摩诃萨。今此会中，摩诃萨众，三万六千。比丘为佛近眷属，常随侍佛；菩萨众乃佛之大眷属，能助诸佛转法轮者。
国王为一国之主，犹今共和民国之元首、总统、或主席。大臣为国王之辅弼，左宰右丞，以及文武大官，皆辅助国事者；如今之院长，部长等。婆罗门、此译净裔。释迦佛未应世时，印度有外道言：天地万物未生之前，有大梵大，超然独上，人类万物由之而生。其生时，有自脚底而生，有自两膝而生，有自两肩而生，有自其口而生，此为形成印度四姓阶级之因素也。而此婆罗门种，即由梵天口生；梵为净义，故曰净裔。此婆罗世掌全国文化事业，教导人民，如中国古之文人大儒，教育民生，而居执军政之刹帝利上；故知印度实为教重于政之国。居士、乃素封之家，可端居乐道，为农工商界之领袖，社会之优秀份子也。如是等众，皆为人间听法之众。
复有天龙八部，无量大众。奘师译本，天龙之下，加有药叉二字，今本则无，乃将药叉摄八部中。天在人上，有欲界天，色界天、无色界天；三界共有二十八天。龙、通常专指兴云施雨者；在佛教中，具大神变，有大威力，护天护人，皆为龙众。药叉、即夜叉，译勇健，言其威猛神武，是大力士。又译捷疾，言其陆空飞行，往来迅速。平常水陆道场中，发符使者，即此药叉神将。八部者，即天、龙、药叉、乾闼婆、阿修罗、迦楼罗、紧那罗、摩侯罗伽。此中略去药叉以下。国王、大臣等，皆是人众；天龙、药叉等，为非人众：故曰人非人等。如是比丘等无量大众，随佛住乐音树下，恭敬尊重，围绕于佛，求佛说法，故启下文曼殊之问佛。既有如是等盛会胜事，故结集者，叙述流通以证信也。
乙二 礼请许乐
丙一 敬礼
尔时、曼殊室利法王子，承佛威神，从座而起，偏袒一肩，右膝著地，向薄伽梵，曲躬合掌。
此下为叙请分中第二科礼请许乐，为此经之别叙，亦名为缘起叙。此中有四：一、敬礼，二、启请，三、赞许，四、乐闻；今为敬礼之文。敬礼者，以表三业清净，恭敬归佛。若无恳切至诚之心，则虽曲躬合掌，徒然无益。故须意业敬之于内；身业形之于外，顶礼膜拜；然后口业，唱赞叹词；故知敬礼，即建立于三业之恭敬上。又三业恭敬，则身意严净，与诸佛无漏功德相应，则无明、贪、慢等皆可折伏；尤足除憍、慢、嫉，生信、惭、愧。故平常学佛者，见佛闻法，先致敬礼，即有此等意义。又由众人三业恭敬，能使法坛严肃庄重；亦由世俗开会设宴，须先洁净场所，方可款待于大宾也。
尔时者，即当尔之时，当佛在乐音树下大众围绕说法之时。法会摩诃萨众中有曼殊室利者，从座而起。曼殊室利，即文殊师利，译音稍异。其义译为妙吉祥。妙、即曼殊，吉祥、即室利，显其于诸法中最为吉祥。又称大智曼殊室利，表其智慧最胜。以佛弟子各有一胜，此曼殊即菩萨众中智慧最胜，不唯于释迦佛法中智慧最胜，即于十方诸佛法中咸皆智慧最胜。又佛果功德不可思议，须藉因地菩萨以表显之，故曼殊之大智，即表佛果之智德，如普贤之大行，观音之大悲，亦皆表佛果之一德。尤其是曼殊之大智，特表诸佛功德所由生起之般若无分别根本智，亦曰实相智或如理智，以显圆满难思之智海也。曼殊室利称法王子，亦称童子。
法王为佛之德号，佛具如来等十号外，复有无量德号，如一切智者、最胜者、大医王、大悲救世等，而法王亦其一也。法王、自其字义研究之，法之一字，义无边际，遍一切处，无非是法。法华云：“我为法王，于法自在”；即解王为自在之义。
但欲解王，须先明法。法在天亲菩萨解“诸法无我”句，说有五位、百法。五位者：一、心王法，二、心所法，三、色法，四、不相应法，五、无为法。百法者，即所谓：“色法十一，心法八，五十一个心所法，二十四个不相应，六个无为成百法”是也。但五位百法中以心法居首者，“一切最胜故”；以一切诸法，莫不由此心法而转变而显现，故诸法中以心法为最胜，而心法即为法王矣。
然心法人人皆具，凡有心者皆可为王，则不能显法王所以为法王之殊胜。或以诸法实相之真如为法王，即维摩对弥勒所谓：“一切法皆如也，弥勒亦如也”之如。盖诸法因缘而生，缘生无性，当体即空，即空所显真性为如，故真如法性，常常时，恒恒时，安住不变动而自在，为法王义。
设如此言法王，则作法王比前更易，以草木瓦石以至一尘一芥，一色一香，无非真如，则随拈一法皆为法王，益不能表显佛为法王之殊胜！故又须以无漏智德为法王，以表特胜。盖前明心法，乃以有为法为法王；次言真如，乃以无为法为法王；而此无漏智，乃遍有为无为究竟真净之法王。佛无漏智，即无上正觉智，故佛亦号觉王。由此无漏无分别智，断惑证真，方显证真如为诸法之王；否则障蔽不显，何以为王？故须以无漏智伏灭一切烦恼，广修六度万行，渐转八识而成四智；至转第八识为大圆镜智，方为真正法王。而大圆镜智唯佛果方具，故唯佛为无上正觉之法王也。
曼殊独称法王之子，以能传佛心印，继承佛位，如太子之继父王位。然如此以称法王子，亦宜于弥勒等，以弥勒继释迦之后成佛故也。因是曼殊之独称法王子，又有殊胜意义；盖曼殊表根本般若无分别智，无漏清净不可思议，与佛果难思之根本智体，如如不二，所有佛果功德，皆由此智而生，故曼殊之独称法王子，即依根本无分别智表其独胜也。由是观之，此经之明佛果依正庄严功德，尤重大悲利他，非法王之佛不足以说此；亦非法王子之曼殊不足以启此。至如弥陀经由舍利弗启请，大弥陀经由阿难启请，观无量寿经由韦提希启请，皆问往生净土法门，因念佛而解脱，以净土为归宿，偏属自利：而此经由大智曼殊之大悲而启发，欲以利乐有情，则专重利他也。
承佛威神，从座而起，正显非仗如来大悲愿海之威神力，虽曼殊亦不能起于此座；亦即曼殊之智乃承法王之智而起，故曰：承佛威神而起此座。此座者，正是自证境界之位置，自六凡众生以及三乘圣人，各有其自住境位，而曼殊此时即从其自位之座起而上求佛道，下济众生也。偏袒一肩者，印度惯习，比丘等所穿之礼服，平常两肩遮覆，遇礼佛时，即袒一肩以致恭敬。右膝著地者，右即左逆右顺之意，表与佛意顺契。又、一肩表上承佛德；一膝著地，表下济众苦。又、普通以右臂右膝动作较为方便，表曼殊由智悲所起之方便用，能上同诸佛慈力，下济众生悲仰也。
如是仪容，端严恭敬，同薄伽梵，曲躬合掌。曲躬、即低头鞠诚，合掌、表福智两足。又、十指并竖，即表布施等十度，而前五度属福，后五度属慧，故与佛之福慧两足尊相应也。
丙二 启请
白言：“世尊！惟愿演说如是相类诸佛名号，及本大愿殊胜功德，令诸闻者业障销除，为欲利乐像法转时诸有情故”。
曼殊于无量众中。启请世尊演说如是相类之法。演如流水不绝，喻佛法音演演相续。如是相类，即指下文诸佛名号，及本大愿殊胜功德如是相类之法。又、相类之言，亦通指他经如是之法。如下文云：“亦如西方极乐世界殊胜功德，等无差别”。此显佛已说过弥陀经等诸佛名号，及本大愿殊胜功德如是相类之法。今曼殊追忆所及，故言如是相类。诸佛名号，即此经药师佛等名号，及其依正庄严。本大愿，即本因地初发心行菩萨道时，所发通愿、别愿，由是而成佛果功德。故此殊胜功德之言，通因通果：由因地殊胜之愿行功德，方成佛果殊胜之福智功德。
此上数句，请佛说法，使自了知佛果功德，可称自利；而亦为利他故，故言：令诸闻者业障消除，为欲利乐像法转时诸有情故。此言障者，通惑、业、报、三障。惑障、有烦恼障与所知障：烦恼障亦曰事障，断之较易，所知障亦曰理障，欲除则难；此二通名惑障。惑、即烦闷恼乱，使心神不宁，故名障。业、为作业，即是行为习惯，如人习染不良嗜好，虽乐善事而欲作不能，故为障。报、即苦报，由惑造业招感报体，报体陋劣，不得自在，故为障。然考苦报由来于业，业由来于惑；由贪等惑而业而苦，使吾人长沦三有，不获出期。所谓：“我昔所造诸恶业，皆由无始贪嗔痴”，真可慨也！虽然，业处惑、苦之间，实为诸障中心，能将业障消除，惑、苦自灭，如截木心，两头自断；故闻佛法，先令业障消除，则像法转时之有情，乃可以利乐矣。
像法者，盖佛之教法住世有三时：曰正法，曰像法，曰末法。正法住世，见佛闻法，即能得果；以诸三乘贤圣等众，皆为已熟之机，一遇胜缘即得断惑证真。佛灭度后一千年间，亦有声闻、菩萨住世行化，人民不生邪解，不起邪行，易以修行得果。一千年后，即为像法，或以像为形像，佛既灭世铸像代佛，及塔庙中皆供佛像，故亦称佛教为像教。其实、此义不然，如言设像，佛世优填王亦已雕佛像，即于末法岂无佛像？故像法言，乃指像似之法，已失其真。言至其时，虽则修行者有，证果者难，于佛法既鲜实证，故已失真。迄今末法，非唯证果者无，即真能实行者亦寥如晨星；虽有少数，亦多盲修瞎练，可悯殊甚！故正法住世，百修百证。及至像法，修行者百，取证者不得其一；盖像法多魔，不易取证，即多退堕！如今世修行未证真圣果，来世业增，前功尽弃！而有勇猛有情，努力勤修，今世不证，来世再修，黾勉求证，其志可嘉！然其事极艰难而可悲悯，故菩萨为下济有情之大悲心所驱策，求佛说法，独标利乐像法转时诸有情者，不无深意焉。
丙三 赞许
尔时、世尊赞曼殊室利童子言：“善哉！善哉！曼殊室利！汝以大悲，劝请我说诸佛名号，本愿功德，为拔业障所缠有情，利益安乐像法转时诸有情故。汝今谛听！极善思惟！当为汝说”。
此称曼殊为童子；童者、独也，表般若无分别智，独一无二。又、此无分别智出障圆明，最极清净，一切无漏功德皆由此生。盖真见道位，此智现前，舍前诸漏，具足无漏，故称为童子；即表根本智。善哉善哉，乃双叹之词；以曼殊之问，具足上求下济之义故。诸佛名号本愿功德，此非过未诸佛，即指现在十方诸佛。说诸佛法故，可令闻者业障消除，解脱诸缠。缠、即缠缚，如人犯罪，杻械枷锁被缚其身．不得自在；众生被三障所缠，囹圄其身，亦复如是！若能闻法修行，即可解脱诸缚，出三界樊笼，如鸟翔太空，鱼游渊海，得以逍遥自在也。虽一切时皆有业障众生，今曼殊唯指像法者，正为像法有情极可悲愍。佛体其意，叹为甚难，故允所求。
汝今谛听，极善思惟，为诫劝词。谛者、审也，诫听法时，须深审察，一字一句不得含糊，方能得益。既审闻后，又须如理思惟，乃与无漏法义善能契应；此乃由闻慧而起思慧也。又、善谓善巧，能善巧思惟，即可触类旁通，会融其义。须能如是听法，方不辜负说法者心，故先警诫。
丙四 乐闻
曼殊室利言：“唯然，愿说！我等乐闻！”
曼殊既蒙世尊赞许，心怀踊跃，随声作答，故曰唯然。唯然，形容其答应得迅速自然，毫无勉强。故常人答应之快者，亦曰唯唯。乐字之本义为音乐之乐，圈入声，为快乐之乐；今为好乐之乐，宜圈去声。
上为本经缘起之叙，依曼殊之问及佛之赞许，说此经之缘由，可以显矣。如金刚经之法会因由分，善现启请分，皆为说经之缘起也；故此亦可称曼殊启请分。
乙一 示体相
丙一 总标依正体
佛告曼殊师利：“东方去此，过十殑伽沙等佛土，有世界名净琉璃，佛号药师琉璃光如来、应、正等觉，明行圆满、善逝、世间解、无上士、调御丈夫、天人师、佛、薄伽梵。
从此文起，为正说分。于中先示体相，后明机益。此经之体相，即以药师佛果依正功德，及其依正功德所由成之本因愿行，为此经特有之体相。通常判经之体，曰实相，曰真如，曰中道第一义，往往儱侗含糊，不能彰显各经之特殊体。如以真如为体，则诸法缘生无性，即空之所显，通于一切；然于其中，不妨地以坚为体，水以湿为体，是则如是诸法，各有别体。故今明此经，即以药师之因果、依正示其体相；由此体所起之功能，即全体大用也。后明机益，即显众机闻此法所获之益利，乃此经之功用也。示体相中分三科，今第一总标依正体。
总标依正体者，有世界名净琉璃，即总标药师依报之体；佛号药师琉璃光等，即总标药师正报之体。佛告曼殊室利，即佛向曼殊室利说。从此娑婆世界东去，经过十殑伽沙等佛土，有一世界，名净琉璃，其土有佛，号药师琉璃光。殑伽沙、即恒河沙；奘师以前，多译恒河沙，奘师以后，多译殑伽沙。恒字音短，殑伽音长，稍有区别，实为一河。恒河在印度，亦犹中国之黄河。有言其发源于天上，实则出之阿耨达池；如中国古探黄河之源于星宿海，而今日考察所得，实与长江同出自青海。恒河多沙，佛说法处多在恒河流域，故为顺便通晓起见，经中遇说数目极多时，即以恒河沙为喻。如七佛药师本，则从四殑伽沙说起；今本但明药师佛土，故直从十殑伽沙说。佛土、即世界，一佛土，即一大千世界。净琉璃、即清净青色宝，言其国土居七佛之后，最极清净，无漏庄严；故前言青色宝时，以万里无云之白日清空为喻也。
此药师佛，具足十号：
一、如来，义如前。
二、应，亦译应供，梵音阿罗诃。依法华论，有十九义，通常或三或五，言应受人天供养，应已断惑证真，应更不受生死；而应供之义，通声闻、独觉。
三、正等觉，亦作正遍知，梵音三藐三菩提。
四、明行圆满，亦称明行足。明、为智，行、即万行；明以智慧为先导而修万行，故能成福慧两足尊也。
五、善逝，善能顺法性而寂逝，盖佛用而常寂，住于无住涅槃。不同二乘子缚已断，果缚犹在，住于有余涅槃；佛则五住究尽，二死永亡，为度生故，非生现生非灭示灭。虽现生灭而常寂静，故云善逝。
六、世间解，佛具十力等智，事理、相性，明解照了，如脱桶底。
七、无上士调御丈夫，亦作无上丈夫调御士。士为人中才智之多能者，如普通社会农、工、商中，以智足多谋文武双全有力用者，名之为士；故亦以无上之士称佛也。调御丈夫者，丈夫为有大志荷大事者，平常仆妾之于男子，亦称丈夫，正显丈夫勇敢无畏。善能调御一切，如善骑马，调伏猖獗，喻佛善能摧伏魔军，惊驭三界之众生也。
八、天人师，佛为三界之导师，四生之慈父，故名。
九、佛，梵语佛陀，此云觉者，三觉圆满，故号为佛。无明漏尽为自觉，调化众生为觉他，自觉之果圆，亦即觉他之行满也。
十、薄伽梵，即世尊。涅槃等言，自如来至佛为十号，薄伽梵乃十号之总称。而佛地、唯识等，则将无上丈夫调御士合为一号，故自如来至薄伽梵，方成十号。此二说者，各有其根据也。
丙二 别陈行果相
丁一 行愿
戊一 总标大愿
“曼殊室利！彼世尊药师琉璃光如来本行菩萨道时，发十二大愿，令诸有情，所求皆得”。
此下为示体相中第二别陈行果相。行为因中所发誓愿，果乃佛位所成之果德。此中复二：一、行愿，二、果德。行愿文中复三：今第一总标大愿也。
彼世尊，即指药师如来；以释迦为此土之佛，故以药师为彼。由药师琉璃光如来本行菩萨道时，发十二大愿之二句，则本愿二字亦显矣。此十二大愿，在药师未成佛之因地中，同为凡夫，行菩萨道时所发。道、为菩提行之总相；但道虽广，可摄为三十七道品，即三十七菩提分法。其修道所获之果为菩提，亦名为道；其修因之差别行为分法，亦名为道品。欲证菩提涅槃之果，须由所趋之道路，如行者欲达其目的，须由路途。此举道之总相。
若别明真菩萨道之自体，由初发心三慧所起：由闻教故，生起闻慧；闻而极善思惟，如理作意，即成思慧；然后如实修习，即成修慧。成闻慧时，与信相应；成思慧时，与戒相应；成修慧时，与定相应。由修集资粮至加行位，引发根本智无漏无分别般若之大慧；复由根本智而起后得无分别慧；所谓加行无分别慧，根本无分别慧，后得无分别慧，皆由加行慧而引发；各以慧为自体，与诸善心所及善遍行，善别境等相应而起者，即由善等心所相应。根本亲证诸法真如自性，起后得智，通明法界事理，与此无漏智相应而等起施戒等万行，皆为修习道行。故有道自体，道引发，道相应，道所缘，道等起，综合之皆为道也。
十二大愿者，为药师如来因地所发之本愿，盖其所发四弘誓愿为通愿，此为别愿。发愿即是立志，由内心策发，确立而定；以此志愿督促之、鞭策之而行其道，方遂其愿。如地发芽，生根不动，而得成婆娑之大树。但普通人虽亦立志，督策自己，然因意志薄弱，见色闻声，往往情不自禁，不堪外境之诱惑，而为其所转！诸佛发愿，与之迥异，既发愿已，三业依之修习，坚固无有动摇，由此必证菩提，故能令诸有情所求皆得。盖既证菩提，则一切行愿之所求自然满足矣。由本行二句，行道发愿，智断成就；由令诸二句，广被有情，恩德成就矣。
戊二 别陈诸愿
己一 正报庄严
“第一大愿：愿我来世，得阿耨多罗三藐三菩提时，自身光明炽然照耀无量无尽无边世界，以三十二大丈夫相，八十随形庄严其身；令一切有情如我无异”。
此别陈诸愿，即有十二大愿。概而言之，此中自第一至第五愿，乃依四谛中灭道二谛境而发；自第六至第十二愿，乃依苦集二谛境而发。前五愿中更可分别，第一、第二依所证灭谛果而发；后三依菩萨所修道谛而发。后七愿中，前三后三皆由苦谛而发；然苦因于集，故中间一愿乃依集谛而发。今此第一愿，明药师之正报庄严。
愿我来世得阿耨多罗三藐三菩提时，即药师在因地行中说：愿我当来成佛之时也。成佛一名，每多滥称，其实须成阿耨多罗三藐三菩提时，方称成佛。梵语阿，此云无；耨多罗，此云上；即是无上最高之义。三藐三菩提，译正等觉，亦遍正觉，或作正等正觉。此菩提觉之上，复加阿耨多罗与三藐三之言，正简此觉与泛常之觉有异。泛常觉冷热是非等曰感觉，曰知觉，自以为觉，实则迷而不觉，乃颠倒妄想之错觉；虽云觉悟今是而昨非等，亦非正觉。以正等觉者，觉悟宇宙万有之真理，平等平等，无有高下，如理如实而觉，方为三藐三之正等觉。
故单言觉时，即通凡外。但凡外为错觉非正觉，故以三菩提简之。又单言三菩提时，即通二乘菩提，但二乘不能普遍正觉，虽破我执，觉生空真如，而法执未破，法空真如觉而不显，虽觉生空而非普遍，乃以三藐三菩提简之。又登地菩萨，虽可称为分证三藐三菩提，而不能冠以阿耨多罗，以初地至二地乃至十地至等觉，后后胜于前前，皆有上故；是故惟佛与佛，方为究竟阿耨多罗三藐三菩提者。
今药师因中愿其当来成佛时，自身光明照耀一切世界。身、有三身：一、法性身，亦曰法身；二、受用身，亦曰报身；三、变化身，亦曰应身。法性身为诸法之真实性，为诸佛究竟觉之所彻证，故遍一切处，具无量智德光明。
然此所谓炽然照耀无量无边世界，乃指受用身而言。受用有自受用与他受用：自受用身，佛果无漏不思议界，唯佛与佛之所能知，即等觉大士亦如隔云望月，蒙胧非真，何况地下圣凡！但此不思议自受用身土，一佛一切佛，非异非不异，无量无漏福智功德，自佛他佛无有分齐，等同一味。然亦不妨各从自受用身而现起他受用身土。他受用身，乃为教化地上菩萨而现，所谓“如来现起他受用，十地菩萨所被机”。如华严之毗卢遮那，梵网之卢舍那，皆为地上菩萨所现之他受用身，光明灼耀，微尘刹海；故此身光炽然照耀无量无数无边世界，即他受用身也。佛光既照无边世界众生，故今吾人皆在药师佛光照耀之中，不亦甚亲切乎！炽然、状况光力盛而且大，尽虚空法界之边际，无所不照，无有限量；故弥陀号无量光，而此药师亦具无量光明。
三十二相，八十随形，随其一形相等遍法界而言，亦是他受用身；而依通常教理说，则属变化身。此有大变化身、小变化身、随变化身三种。大变化身，为三贤入四加行位菩萨所现，在定中所见色究竟最高大身，亦为此身；所言佛身千丈，或十六万由旬，皆属此身。小变化身，如今娑婆教主释迦如来，现丈六身，三十二相，八十随形好者属之。其实释迦佛身，通法性身、自他受用、及大变化；而依标准教义，唯局小变化身。今药师愿将来成佛，亦现此身，应化众生。大丈夫相者：如人间之转轮王相，天上之梵王相，佛法中则为大士相，佛相。具此大丈夫相者，即能荷负教化众生之伟业，如转轮圣王，即能负担一四天下众生之事业──详见大般若经及诸大论。三十二相者：一、足下安平如奁底。二、足千辐轮相，乃至三十二顶成肉髻相──详见法数。此等宝相，皆自修得，非偶然成，所谓“三祇修福慧，百劫修相好”，可以知矣。八十随形，即三十二相上所现之种种形好，如眉间白毫相光，其体通明透彻，其色极白洁净，即此体明色白为相上形好。既有宝相，复具形好，故其身极庄严，无与伦匹。
药师如来，愿其佛果正报庄严如是，亦愿令其世界一切有情正报如是庄严，故能生琉璃世界者，皆具三十二相，八十形好；亦如往生极乐世界，即无男女相，无六根残缺等相，皆具大丈夫相、大士相焉。
前年戴季陶等朝野名人，迎班禅大师于宝华山建立药师法会，亦本药师之十二大愿，而发十二种愿，其云：“第一遵行世尊本愿：政本优生，教重安养，使一切人民身心美善，相好端严”。今科学有优生学，本此优生学施优生政策，能使人民生活善良，身心健美，此正与药师之第一本愿，遥相呼应。故前讲此经缘起时，亦言依药师佛法门可实际应用于现实人生之改善也。
己二 身光破暗
“第二大愿：愿我来世得菩提时，身如琉璃，内外明彻，净无瑕秽；光明广大，功德巍巍，身善安住，焰网庄严过于日月；幽冥众生，悉蒙开晓，随意所趣，作诸事业”。
前第一愿，诸佛大体相同；今第二愿，则唯药师独具。得菩提时，即成佛时。身如琉璃者，身有三身，三身中现自受用、他受用、大变化、小变化时，皆现佛相，唯随类变化，或现人天，或现鬼畜，无有定相。今身如琉璃之身，且据变化身言。此变化身，如青色宝，内外明彻，净无瑕秽。瑕为玉中疵，玉有污点，即成美中不足；吾人之身亦具琉璃智光，而为肉血烦恼所障，不能内外明彻。例如水晶珠等，亦能内外明彻，而每不免瑕疵。唯此药师琉璃光身，内外明彻，净无瑕疵，其广大遍一切处，功德无量，如山巍巍。
善能安住焰网庄严，即所谓“药师如来琉璃光，焰网庄严无等伦”！焰、即光上之线，如曙光东升，光线夺目。一光焰照一一光焰，一一光焰照一光焰，光光相映，结成罗网；而此琉璃光身，即善安住于此由光线所组成之光明灿烂的焰网之中。药师如是，其土众生亦各能身善安住于焰网庄严，此其所以光明过日月也。盖吾人所居之世界，以日、月、星为三光，而尤以日月之光为大；然日月虽能照破幽冥，若黑夜即无日月。如今交通所及，知吾人所居之地球上，亦有半年无日月光照者，有终年无日月光照者，而亦有人物生其处；此诚如佛教所谓黑暗地狱众生也。但净琉璃世界，有药师琉璃光身之光明，则一切黑暗皆破除，幽冥众生悉蒙开晓。如盲者得眼，即能于光明熙和中随意所趣，平等自由，作诸事业者也。
药师法会愿云：“第二遵行世尊本愿，培植德本，发扬慧力，使一切人民本力充实，光辉普耀”。培植德本，发扬慧力，使世界和平，人民安乐，一切作业，悉得成就，亦药师此愿之实际应用者也。
己三 智慧资生
“第三大愿：愿我来世得菩提时，以无量无边智慧方便，令诸有情皆得无尽所受用物，莫令众生，有所乏少”。
此第三愿，标以智慧资生者，以药师成佛时，欲以无量无边智慧方便资济众生。此第三愿至第五愿，依道谛而发。道者，广则八万四千波罗密多，略则三十七品，再略之、则为戒定慧。而此三愿，即依此三而发。是第三愿，乃依慧发。无量无边智慧，出智慧之体；无量无边方便，为智慧之用。故方便之自体即智慧，智慧之妙用即方便；若无方便无以显智慧之深广，若无智慧无以起方便之巧妙。故智慧与方便，皆是无量无边。
无量者，普通言量，约有二义：一、读平声，如升斗量米，尺寸量布之量，为动词，表现动作；二、读去声，如言度量数量之量，为名词。又如言不可以尺秤量其长短轻重，亦为平声。此无量乃无有限量之量，乃去望之量也。以今通用名词言之，量即空间。空间在数理学上有三度量：一、量长短，二、量阔狭，三、量厚薄高低。如一墨点，不成为量，须成一线，方有长短之纵量。但只一线不成为物，物必有阔狭，故有第二度阔狭之横量，所谓先量长短，后量阔狭。既有长短、阔狭，既有南北东西之方向，然亦未成其为完整之物。盖完整之物，既如一纸，必有其反面的厚薄，故第三度即量其高下浅深。如此经过长短、阔狭、厚薄之三度量，乃成为物，既有东西、南北、上下、之六方分。故无论何物，凡成其为物者，须具足此三度量之空间，知其自南至北有几何，自西至东有几何，自高至下有几何，方成一物，否则不成为物。小自茶杯房舍，大至地球、华藏世界，其为有情世间及器世间，皆具此三度量以各占其空间。若超此量，无彼此，无分别，则不能说成一物，亦即无可思想分别而入于无量矣。此乃无量之本义，佛果智慧方便功德，亦复如是无量。无边者，边依量立，若有量，即有四方上下，此量尽处即有边际、有此方物，有彼方物，即有边际分齐；故立有边，即基于量，若无量、则边亦不可得矣。
今中国人皆能说佛法无边之一语，佛法无边，诚如所言，惜深知其义者鲜耳。其实、一切世法皆落边际，唯有佛法确实无边。然佛法无边，非离世法之外另有一无边之佛法，若离世法另有一个无边佛法，即此世法与佛法之间已落边际矣！故须无量，方成无边。前言量有三度量，以明四方上下之空间，今更进而言之：依最新学说有四度空间，乃将时间加入空间而成第四矣。楞严经言：“四方上下为界，过现未来为世”；以之说明世界为空间时间之交织，颇相近似。是故一物之成为一物，不特有六方，且有三世；如今讲经之法堂，占有上下四方之空间，经未造、落成、朽坏、三时之时间。有此一法堂，即具六方、三世四度量；扩而言之，凡物皆有此空间与时间而成立也。故平常所谓人生几何，天长地久，皆自空间量上显明时间。六方、三世界量无，则边际乃无矣。
但如何言唯佛法无边耶？此盖诸法实相，法尔如是，本无边际；故无量无边，实为诸法之本来面目。自佛法言之，若真若俗皆无量无边。何以故？自第一义之真谛言之，量不可得；以量从分别而起，诸法真实相无此分别量故；既无量，复何有边耶？自众缘所成之俗谛上观之，诸法亦无量边，以诸法从众缘生，缘生无性，一法之生，即依法界诸法为缘，故一切法不出一法，一法即括尽一切法，则无一一之定量可得，何有一法一切法之边际哉？如一小杯，为四大成，土质为地，调泥为水，烧炼为火，鼓扇为风，容受为空，加以人工之思想模样，由此种种因缘，即成此一小杯；则此小杯，即依虚空法界众生辗转增上之缘力而成，即可摄尽宇宙万法。故能通达一物，此物即遍虚空法界，无可限量，亦无边际，此在俗谛而论诸法，诸法亦无量无边矣。
但诸法小自微尘草木，大至华藏世界皆无量边，何独唯指佛法无边耶？良以诸法虽无量边，倘无佛智慧，即不得而知，而妄执有量有边，并认定此有量有边之法，方为实法，而以无量无边为非实法，颠倒是非，混乱黑白！自具缚凡夫乃至三乘贤圣，未得诸佛智慧，皆不免此颠倒分别而执有量有边！是故唯有佛法无边，其理亦了然矣。
复此、人之心境上有此分别量故，世界随之有成住坏空，人生随之有生老病死，一切皆由此分别心量境之生灭而生灭，则世界人生皆落生灭之窠臼矣！若了真俗诸法其实本无量边，如是如是，则当下即不生灭，当下即了生死矣。如人计我，我生于何时，我作若干事业，我经几何年月日时而死，此在量上作边际想，故人生之生老病死起矣。又如！计此世界为上帝创造，创造于何时，至何时毁灭，则世界之成住坏空作矣。若知佛法真俗二谛之理，诸法本性无量无边，一法如是，一切法亦如是，一即一切，一摄一切，一入一切，一切即一，一切摄一，一切入一，无定量可立，无极边可得，则人生生老病死即非生老病死，世界成住坏空即非成住坏空，当下本无生灭生死可了，即是菩提大般涅槃。是知法法无边，洵惟佛无量之智慧方显焉！复依此无量无边之智慧，等起无量无边之方便，依方便之权智，达智慧之实智。由智慧之本体，起方便之妙用，随机设法，应物施功；是知一切方便，皆由智慧而成。如十度之方便、愿、力、智，皆依般若而开发。经云：“菩萨于菩提，当于何求？当于五明处求”。五明者：一、因明，二、声明，三、医药明，四、工巧明，五、内明。此除内明为佛学外，其余四明皆为济世利人之方便用；而此方便之无碍自在，功由智慧。如今科学发明，供给吾人衣食住行上种种享受之物质，皆是方便之用；但因无无量无边之智慧以为妙体，故虽有用而非妙用，有尽际相可得，此有彼无，起贪嗔痴互相争夺，世界祸乱从此起矣！人民痛苦由是生矣！故此世界非无方便，实由无无量无边之智慧不成妙方便耳。由此、今日之人世，若依药师之智慧，则科学资生之方便，妙用无尽，斗争永息，世界和平，人民衣食丰富，所受无缺乏矣。
药师法会愿文云：“第三遵行世尊本愿，广行四摄，勤修六度，使一切人民自他方便，万事咸宜；世尊第三本愿，如实成就”
己四 导入大乘
“第四大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情行邪道者，悉令安住菩提道中；苦行声闻独觉乘者，皆以大乘而安立”。
前愿明佛之智慧无量无边，由此无量无边之智慧，复起无量无边之方便妙用。正如法华所云：“诸佛智慧甚深无量，其智慧门难解难入”。此愿使诸凡外、三乘安立大乘，即属于定。盖安立即安定，如大学所谓：“知止而后能定，定而后能静，静而后能安，安而后能虑”；此亦言由定而安也。药师此愿，欲使一切行邪道之有情，舍邪归正，安住菩提正觉之道。正觉、邪道，相对而立，未入究竟之正觉，皆不免落邪，唯断善根之阐提种姓纯是邪，佛纯是正，故正邪亦不能定限。但依普通标准言之，除人伦道德等世间善法，与出世之三菩提法为正道外，其自虚妄分别而执为有道者，皆为邪道。其所执道，与诸法实相，及世间资生事业伦理道德相违，而另有其无上至高之道，奉为最胜，余若无赌。瑜伽戒本所谓：“若诸有情，安住自见取中，起如是见，立如是论：唯此是实，余皆虚妄”；此即为邪见师资矣。昔有一人，终日思金，神经失常。一日上市，忽见有金，当众即取，遂被捉住。询其何以当众盗金？彼言：我取金时，唯见有金，不见余人。此与邪见众生自立邪道，不见正理，恰恰相同。故邪见众生深深安住自邪见道，虽有菩提正道，说之不信，须由诸佛威神之力，方便善巧之用，方能醒其顽迷，使之舍向邪见，安住菩提道中。
菩提道者，即阿褥多罗三藐三菩提道。然此菩提，通指三乘菩提，皆为正道。此使邪见外道安住菩提，乃为第一重意义。苦行声闻、独觉乘者，皆以大乘而安立之，此为第二重意义。声闻者，闻佛说四谛音声，知苦、断集，慕灭、修道，证得须陀洹等四沙门果。独觉者，出无佛世，弧峰独宿，秋观黄叶落，春闻百花香，觉荣枯无常，由之悟道；亦曰缘觉，缘佛说十二因缘之声音，如众生由顺生门流转生死，由是入还灭门，即得证果。于中声闻根钝，缘觉、独觉根利，故增道损生皆有迟速。乘者，运载之义，如以车代步，达目的地。明声闻、独觉，各依四谛、十二因缘之教乘，度分段之生死海，到生空之涅槃岸。此行声闻、独觉乘者，若已证、若未证，皆使由二乘心而安定于大乘法中，一入永入，毋令退堕。
故此愿可为二重：一、对二乘众生，使安立于大乘中；一、对邪外众生，则先破其顽迷，使之舍邪入正，安立于世间伦理道德，即佛教人天、二乘、五戒、十善法中，然后再由人天进入三乘，复由三乘使安立于大乘。此与法华会三乘归一乘之理相符。实则全部法华。明一佛乘，不外此“皆以大乘而安立之”一句也。故佛法于邪外二乘，皆能导入于大乘。又、大乘之法，乃诸佛通达诸法实相之智慧，无量无边，故为众生开示，皆悟入佛之知见也。是则此愿虽寥寥数行，可判摄一切佛法，盖一切佛法归纳之，不外五乘共法，三乘共法，大乘不共法，而此由邪外二乘以至导入大乘，皆可包括之。
药师法会愿云：“第四遵行世尊本愿，服务社会，尽瘁人群，使一切人民，咸归大乘，舍身救世；世尊第四本愿，如实成就”。
己五 得戒清净
“第五大愿：愿我来世得菩提时，若有无量无边有情，于我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒、具三聚戒；设有毁犯，闻我名已还得清净，不堕恶趣！”
前二愿明慧与定，此明得戒清净。无量无边有情，显有情数目之多。使此无量无边之有情，皆于我药师佛法中，修行梵行。梵、译为净，超出五欲之清净行，乃为梵行。一切皆令得不缺戒者，即使行者得具足戒。不缺、显不缺漏，大智度论明不缺、不穿、不漏等十事；并设喻云：凡夫持戒至于佛地，如渡海浮囊，中盛空气，无少缺漏，方渡彼岸。囊即喻戒，戒行无缺，方至佛地；若稍缺漏，如浮囊有孔，即便沉没，故戒也者，不可须臾离也。传戒者须如法传授，受戒者须如实修行，方能具足，无所缺漏。
三聚戒者：一、摄律仪戒，二、摄善法戒，三、饶益有情戒。摄律仪戒，即持身口七支等戒。摄善法戒，即持善法戒。平常戒律中说有“止作持犯”；止持，即止一切恶行，所谓诸恶莫作；若经佛制止之事，皆不得作，若作即犯，此即摄律仪戒。作持、即作一切善法，所谓众善奉行；凡经佛教授之事，如六度万行，皆须工作，若不工作，即是违犯，此即摄善法戒。饶益有情戒，即诸菩萨广行四摄，饶益众生；若不作饶益众生之事，即是犯戒。此中摄律仪，摄善法，通诸声闻；而菩萨戒则以饶益有情为主，余二为助伴。聚为类聚，每戒之中，各有类聚，如律仪戒之五篇、七聚等。梵网兼律仪戒，而瑜伽则即以七众律仪戒为律仪，专明摄善、利生。若本已受持三聚戒，设一时迷昧而有毁犯，若闻药师佛名，还得清净，不堕恶趣。恶趣者，即地狱、饿鬼、畜生、三途恶道；或加阿修罗为四恶趣。因犯戒故，须堕三途，但闻药师佛名，由其本誓愿力加被，犯戒有情，还复清净。因犯戒如衣被染污，即不清净，由佛力故，如洗净之。但唯有佛果功德加被，若无本因誓愿之力，则加被即非真切，如日光泛照万物；若佛果加被，复有本誓愿力，则如收光镜将日光摄集增强。吾人今皆已受戒，若有误毁者，闻此药师名号后，宜发露忏悔，誓不更犯，亦得解脱，不堕恶趣。后灭罪文，广说其事。此上三愿，皆依慧定戒发，亦使一切有情依之得慧定戒者也。
药师法会愿云：“第五尊行世尊本愿，精严戒律，调伏身心，使一切人民身口意业，咸归清净；世尊第五本愿，如实成就”。
己六 得身健美
“第六大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，其身下劣，诸根不具，丑陋、顽愚、盲、聋、喑、哑、挛躄、背偻、白癞、颠狂、种种病苦；闻我名已，一切皆得端正黠慧，诸根完具，无诸疾苦”。
此第六愿明诸有情六根不具，丑陋癃残者，若闻药师名号，即得身心健美，以此愿乃缘苦谛境而发，故在使诸有情脱离诸苦。相传中国清代玉琳国师，前世为出家人，诸根不具，丑陋顽愚，结缘施主见而嗤笑讥刺，因有感焉。寻闻受持药师此愿，能得六根完具，身心健美，遂受持奉行此法门，而转世即得玉琳身，智慧殊胜，诸根聪利，相貌端严。有清一代，不少名师，而为后人闻名敬信无间言者，厥惟玉师。是皆由药师佛果本誓愿力加被而致者，吾人若能如是发愿，弘法利生，亦可成就如是胜报。
此中若诸有情之言，不指琉璃世界有情，以既生琉璃世界者，必已具诸相好，无诸丑陋，故应指娑婆等十方世界而言。娑婆众生，胜劣不等，高下参差，如处大庭广众之间，高胜者固身心兴奋，而下劣者相形见绌，不免精神苦痛，落于隐忧。身根者，即五色根身；在此五色根身之上，有眼、耳、鼻、舌等四根。或缺一，或缺二，或俱缺，故曰不具，不具故身丑陋。顽愚者，意根衰弱故，心性鲁钝，冥顽不灵。盲、为眼根不具；聋、为耳根不具。有有根而不闻，有连根形亦缺。喑、为喉舌不充，发音不亮；至于哑，则不能声响，舌根全坏，故喑哑总为舌根不具。但喑亦关鼻根，如鼻喑则发音不明等。挛，拘曲也，两手挛曲不直。躄、两足俱废。背偻、即身驼不直。白癞、即麻疯；疥癞为小疮，而白癞病则坏及诸根，如今广东等地，多有染此病者。此上乃为身病。颠狂、为精神病；狂、即狂乱，神经反常，举动失检，所谓丧心病狂，即此之谓。此等诸根不具，即成残疾，人有残疾，抱恨终身；迵异伤寒发热诸症，一著于身，即无法可免除。若能依药师愿，便可消除。但今医学进步，此类病症亦可减少，如西洋人少有痢头，麻脸，皆由医药种痘功能；故身病亦渐能治愈，殆亦由药师愿力耳。
药师佛愿闻其名者，一切皆得端正黠慧，诸根完具，无诸疾苦；今既成佛，当满其愿，故其国中必无残疾之人。端正者，诸根完具，丑陋之反。黠慧者，黠、为灵巧，慧、乃聪明；聪明黠巧，顽愚之反。此依药师佛果本誓之力，其土众生正报庄严，药师琉璃光及其净琉璃国之得名，不可谓非此愿功也。
药师法会愿云：“第六遵行世尊本愿，政重卫生，业励医药，使一切人民，凡有疾苦，悉得救治；世尊第六本愿，如实成就”。
己七 安康乐道
“第七大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情众病逼切，无救无归，无医无药，无亲无家，贫穷多苦；我之名号一经其耳，众病悉除，身心安乐，家属资具悉皆丰足，乃至证得无上菩提”。
此愿标安康乐道者，安、为安宁，康、为康健。由贫病故即不安宁康健，此愿即由不安不康，而使能安能康以乐道修行也。盖人类生活，若不安康，则受苦逼迫，何能安心乐道？故欲人类乐道修行，须先使人类解除饥寒困病之苦患。今世仁人君子，力谋改革社会，建设实业，使人民生活趋于丰足，亦此之图也。故人人皆能效药师佛法而行，则人民生活既改良，社会百业进步，道德文化亦蒸蒸日上矣。
药师愿其成佛时，若诸有情为众病逼切，皆令解除。众病者，佛经明众生一大不调，百一病起；四大不调，四百四病起；中国古来亦说温、湿、寒、热等病。诸有情类，为诸病苦逼迫痛切，无救无归，无医无药，无亲无家，因是未尽其天年而夭折，备极凄惨！但今亦有无家独身之人，因有金钱，病来则医，犹有可救；若无家亲，复贫而病，则惟待死而已。但此类众病交迫之有情，若闻药师如来名号，即可众病悉除，身心安乐，家属资具，悉皆丰足，安康乐道，乃至证得菩提。后文所谓“求长寿者得长寿，求富饶者得富饶，求男子者得男子”；显由药师悲愿力故，皆获遂愿所求者也。
今曰中国急欲解决之民生问题，而欲使人民衣食住行富饶丰乐者，皆不出此药师佛愿；故能人人依此发愿实践，则民生痛苦及生计诸问题，庶几可解决矣！此愿人类解除痛苦，社会和平，国土丰乐，为药师愿特要之点，亦如弥陀愿中之特重闻名往生也。
药师法会愿云：“第七遵行世尊本愿，普设医院，广施药品，使一切人民，孤苦贫穷，悉离病厄；世尊第七本愿，如实成就”。
己八 转女成男
“第八大愿：愿我来世得菩提时，若有女人为女百恶之所逼恼，极生厌离，愿舍女身；闻我名已，一切皆得转女成男，具丈夫相，乃至证得无上菩提”。
此愿标为转女成男者，琉璃众生皆大士相，本无男女之性别。男女之名，相对而立，无女则男亦无，说无女人者，乃对余界而说。如以三界言之，色、无色界男女相无。而欲界则有男女，故欲界万有皆分阴阳二性。今科学分析万有构成之最后因素为电子，虽微细难见而亦有阴阳二性。由阴阳二性构成之物，皆含有矛盾性，相反相成，相生相克。故五趣杂处之欲界众生，皆有阴阳二性，以阳为男，以阴为女，于同一人类中。遂分男女鸿沟，而在相形见绌之下，不免男胜女劣，于是百感丛生，为诸恶劣之所恼乱，极生厌离，欲舍女身。然女人中具大丈夫性者，方觉女身可厌，生求离想；若无丈夫性者，虽感女身，不觉厌恶，反执为美！依大乘佛教理本平等，无男女差别、高下可得，但随此类之机，落于男女分别想中，厌而求舍，故佛即为说之，使依药师法门，或生琉璃得丈夫相，或在娑婆现身后身，转女成男；若无厌离女身者，佛亦不须说此也。
此上三愿，皆缘十方众生为众苦之所逼切恼乱而发，故依之而行，皆可离苦得乐。
药师法会愿云：“第八遵行世尊本愿，立法施政，尊重女性，使一切女子受平等福，离百恶恼；世尊第八本愿，如实成就”。
己九 魔外归正
“第九大愿：愿我来世得菩提时，令诸有情出魔罥网，解脱一切外道缠缚；若堕种种恶见稠林，皆当引摄置于正见，渐令修习诸菩萨行，速证无上正等菩提！
魔、即魔王，魔子魔孙各有眷属。外、即外道，亦有师徒邪众。魔外众生，难调难伏，如佛世时，虽经佛化，亦难改其魔性。此愿明诸有情为魔外所诱惑而受其影响者，皆使舍邪归正，入于佛法，故云魔外归正。
梵音魔罗，此云扰害者，亦云杀者，能害众生功德善根故，能杀众生法身慧命故。网、以捞摝，罥、以盖罩；以喻魔有魔法，如张网罗，能使水陆空界众生落其网中，唯佛法能救之。盖魔以五欲自恣快乐，亦有其魔之知识，思想、学说、方法，引诱众生入其五欲彀中。迷而忘返，欲入色、无色界，欲趋三乘圣行，皆为障碍。如今世上，亦有学同魔学；想同魔想，行同魔行之人，其于佛教终不生信，而惟耽著五欲，深陷魔网，昏迷失性，反讥佛教为消极，为迷信，则殊可悲愍也！
解脱一切外道缠缚者，前言邪魔耽著五欲。此言外道，心外取道，坏真实理，修种种无益苦行，备极艰辛，执为最胜，显与众异，亦足惑世！古印度有九十五种外道，或六十二见，或十六种等。今日之世，亦多外道，外道舍正道而别求邪道，由邪师教授教诫，起邪分别，入邪思惟，如飞虫之自落蛛网，如蚕作茧自缠自缚，如蛾赴火自烧自烂，此亦可悯甚矣！
堕种种恶见稠林者，恶见、即不正见，成曰邪见，背世出世间之正理而妄计为胜故。见、为明解之义，此其自执道理以为高超，然实非理，即上魔见、外道见也。见有种种，故曰稠林；稠林、谓万树稠密之丛林，一入难出，恶见之广，亦复如是。
此等种种恶见众生，由药师本誓愿力故，使其转归正见。正见可有二种：一、世间道德善法之正见；二、出世究竟佛法之正见。然亦可谓以世间善法为正见之基础，以出世佛法为正见之究竟。由此正见故，渐渐修习诸菩萨六度万行之正行，由凡夫经信、住、行、向、地，而入无上正等菩提也。
此中言魔，总包烦恼魔、五蕴魔、死魔、天魔等；而耽五欲之欲界魔。即属天魔。此等诸魔，易入难出，唯仗佛法解脱之耳。又魔通于惑、业、苦三，烦恼魔及外道恶见稠林，皆为惑业之法；是故药师缘集谛境，发此大愿，使诸有情解脱邪外之魔难也。
药师法会愿云：“第九遵行世尊本愿，树立正法，降伏邪见，使切正法并育并行，永难缠缚；世尊第九本愿，如实成就”。
己十 解脱忧苦
“第十大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情王法所加，缚录鞭挞，系闭牢狱，或当刑戮，及余无量灾难凌辱，悲愁煎逼，身心受苦；若闻我名，以我福德威神力故，皆得解脱一切忧苦！”
此愿标解脱忧苦者，以愿令一切有情为王法所加等苦，皆使之解除故。王法者，古代依帝王立国，故言王法。如今民国以民立国，即言国法。王法、国法，皆是法律，法律之所以立者，作公众利益之保障，为社会人民之准绳，侵害公众利益者惩之，被侵害者保障之。人类本来无需法律，然人自相侵扰，故不得不有法律以维持社会之治安、秩序也。中国古代，立有笞、徒、流、绞、斩、五刑：缚录鞭挞即属笞刑；系闭牢狱为徒刑；戮为杀戮，因犯重罪，即处死刑，此属斩刑之类。盖人生在世，不能离社会而独立，既依赖社会而生活，自然不能离去种种约束而须受约束之支配，此人类痛苦所以与生俱来也。庄子云：“有人者累，有于人者忧”。如一家之主，即须担负全男女老幼之责，此所以有人之累；人依赖人，此人即为彼人所有，而须遵其约束，此所以有于人者忧。故人类相处国家社会中，既有公私利害之冲突，自有法律处置，使之得当。如佛教丛林寺院之有共守规约，犯之则罚，此人生本身必受之忧苦也。又受自然界之忧苦亦不能免；如乐日光浴，热暑则苦；如乐风调雨顺，而暴风狂雨齐来则苦；如舟车代步，而出轨覆没则苦；他如洪水猛兽等，皆自然界不能避免之苦。欲除痛苦故，惟有仗多人团结之力量，与自然奋斗，制服自然。从自然界推至人与人相处之间，则强凌弱，众暴寡，盗贼蜂起，匪窃猖狂及国际战争等，皆为人与人间必受之忧苦。是知人有依本身之苦，处自然界之苦，人与人间之苦，故有无量灾难凌辱，悲愁煎迫，身心受苦。灾与祥反，非意料所及之厄事发生皆为灾难；难读去声，为苦难、厄难、困难之难。凌、为凌逼。痛苦加身，即受凌辱，因凌辱故悲愁煎逼，如热锅中油煎火逼，身心受苦。
受、有苦、乐、忧、喜、舍、之五受：身受有苦、乐、舍──舍即不苦不乐中庸之境──三受；心受则加忧、喜、为五受。苦等三受，为现前身心上所受之境；忧喜二受，或缘过去苦乐二境，或缘未来苦乐二境而起。此五受中，不但恶趣众生常在忧苦之中，即人道众生，亦常多忧苦，所谓“人生在世，苦多乐少”；“人生若梦，为欢几何”，皆忧苦之反映。推至天趣，则欲界虽乐多苦少，然至五衰相现，忧苦不免；色无色天虽无忧苦，然定坏时，不免生灭迁流之苦；故唯涅槃，方离一切忧苦。诸有情类，无时不在忧苦交迫中，但由药师本誓愿力，及佛果威神力，能使一切忧苦得大解脱。
经云：“三界唯心，万法唯识”；众生迷心识故，执重外境，忧苦事多；若觑破诸法由心识所现，不起重执，则虽有忧苦亦若忘失矣。如一心诵持药师佛名号，感其威神力故，心得安定，则虽处无量灾难之境，亦不觉其灾难忧苦矣。故此愿中，可得二重解脱：一、能使诸有情，心得安定，解脱忧苦；二、能使诸有情，业果转善，得幸福报。
药师法会愿云：“第十遵行世尊本愿，改良刑政，实施感化，使一切人民不触法网；即有犯者，在狱获教，出狱获养；世尊第十本愿，如实成就”。
己十一 得妙饮食
“第十一大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情饥渴所恼，为求食故造诸恶业；得闻我名，专念受持，我当先以上妙饮食饱足其身，后以法味毕竟安乐而建立之”。
此愿愿令诸饥渴有情，先得上妙饮食，后得甘露法味，故标以得妙饮食。盖衣食住行，为人类生存之要素，而尤以饮食为最，无饮食即不能生存，故佛言：“一切有情，皆依食住”。无食则饥，无饮则渴，饥渴故烦恼──恼为十小随烦恼之一──，烦恼故心愤，心愤发故，欲觅饮食，造诸恶业。故今日之世界，或个人，或民族，种种阶级争斗，皆为解决饭碗问题；即西洋人所谓面包问题。因饭食不给，生活难以维持，环境逼不得已，杀人放火，无所不为矣。故欲社会安定，须先解决民生问题，人民衣食丰足，盗匪窃贼即无由起。由此观之，盗匪窃贼不但情有可原，抑须力谋救济。
是以药师发愿，若诸众生闻其名者，先令饮食饱满，解除苦恼，安住有漏善道；进以无漏法味，使之成贤成圣，乃至佛果，亦古人所谓“富而后教”之意也。得世间饮食，唯身体快乐；得出世法味，则精神兴奋，力图上达，虽稍饥渴亦不造业，此皆由法味之功。若唯饮食，则饮食穷时，必复造业受苦，故须由无上法味，方获毕竟安乐。先哲所谓“衣食足而知礼义，仓禀实而识廉耻”；此亦言先使衣食丰足，方能安心修德，再进而以佛法法味为食，禅悦为食，皆得毕竟安乐而建立之。毕竟安乐者，即发大心，修大行，不退转于大般涅槃者也。
此中以禅悦法喜之味为食者。前引佛言“一切有情皆依食住”，食有四食：一、段食，段为形段，欲界众生所有物质饮食，皆有空间的或时间的形段，如色、香、味、触等是为段食。二、触食，眼触色，耳触声，鼻触香，舌触味，身触细滑，意法处；由六根发六识触六尘者，皆为触食。三、意思食，即以意识希望之思为食，如人怀希望心，虽经千挫百折而希望心不死，亦得延其生命。四、识食，识食与前食不同，前属意识及其意根，为第六识与第七识；今此识食，为有情生命所依之本体，属于阿赖耶识。盖此识受诸识熏习成为种子，由种子复起现行，由此识食资持业果生命不绝，是故一切众生皆依食住。不但三界众生依食而住，即出世菩萨亦依禅悦法喜为食，辗转增胜，而长养其法身慧命也。至诸佛位，转识成智，圆满法身慧命，故不依食而住。佛法无边，随拈食之一法，义深无量。
药师法会愿云：“第十一遵行世尊本愿，政重民生，普济民食，使一切人民饮食供给无有乏少；更施教育，培其智德，令生安乐不遭苦难；世尊第十一本愿，如实成就”。
己十二 得妙衣服
“第十二大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情贫无衣服，蚊虻寒热，昼夜逼恼；若闻我名，专念受持，如其所好即得种种上妙衣服，亦得一切宝庄严具，华鬘、涂香，鼓乐众伎，随心所玩，皆令满足”。
此愿愿诸有情，得种种上妙衣服，及一切宝庄严具，而以衣服为主，故标得妙衣服。愿诸有情得衣服者，衣服有二种作用：一、可遮避寒、暑、蚊、虻等侵袭，为卫身之工具；二、衣以罩身，覆蔽丑陋，为严饰之具。若约广义言之，则一切房舍器皿舟车等，凡是使身住行娱乐之具，皆摄属之。今贫无衣服者，非特无妙丽庄饰之衣服，即遮身卫体之衣服亦不能给，故为蚊虻、寒热昼夜逼恼。但由佛之愿力加被，闻佛名号，专念受持，则不唯得卫身衣服，亦得一切美丽庄严衣服。
又遂其愿之所欲，获得一切庄丽宝物。所谓“富润屋，德润身”，故一切房舍器具，皆成宝庄严具。华鬘，即结花成串悬挂者。涂香，即香水等。鼓乐，即音乐。众伎，盖既得上妙衣服，须有严身众具，力配严饰；又因房舍等庄严故，而作种种倡伎歌舞，娱乐人生，随意所欲，游嬉自在。如是、依药师之愿力，使众生得衣食丰富，受用庄严，则现实人生之社会，即可以优美化，艺术化；较之东方之琉璃与西方之极乐，不远矣。
上来自第七愿至十二愿，皆缘苦集二谛境而发，使众生断惑离苦者。故今日吾人若个人，若学校，若宗教，若政治，若欲改造社会而安定社会者，皆可做药师愿行实践也。故戴氏等发起在宝华山，修建药师法会，亦由观察今日中国情状及世界之趋势，欲改造转变其命运，唯依药师之方法，最切实际，故发愿遵行。由上观之，吾人能依药师发愿，或求个人幸福，或求社会幸福，立出标准方法为人生观。依之实行，自力加行，不赖他人，则得二种利益：一则自增福德；一则改善或创造新的中国或世界。如是、方称真实闻名受持，不辜负药师佛矣。
药师法会愿云：“第十二遵世尊本愿，衣住行等一切施为，决依总理遗教，尽力推行，生产分配，咸令得宜，使人民生活所需，无有不足，节之以礼，和之以乐，五福俱全，文明鼎盛；世尊十二本愿，如实成就”。
戊三 结成妙愿
“曼殊室利！是为彼世尊药师琉璃光如来、应、正等觉行菩萨道时，所发十二微妙上愿”。
此为结成上来十二妙愿。妙愿者，显此十二大愿极微妙殊胜故。如来、应、正等觉、为十号中三号。
丁二 果德
己一 说略指广
“复次、曼殊室利！彼世尊药师琉璃光如来行菩萨道时，所发大愿，及彼佛土功德庄严，我若一劫、若一劫余，说不能尽”。
此为别陈行果中第二明果德，果德即由本地因行所修成之佛果功德。于中分三；今初说略指广，明此文相虽略，详言之，则甚深无量。
复次、承上起下之词。此为释迦佛总告曼殊，彼药师如来因中所发誓愿，不思议力。无量无尽；其佛果所成三十二相，八十种好，十力，十八不共法，四无所畏等威德，及其琉璃国土庄严，亦皆无量无尽；我若一劫、若一劫余，说不能尽。
劫者，梵音劫波，此译时分，即时间，或时代。但唯言时分，或时间，时代、则儱侗不能指出久暂几何，故劫有二义：一、通义、即如言时分、时间等，自一刹那、一忽、一秒，乃至万年亿兆兆年，皆为时分时间或时代之通称；是则一劫之言指一刹那耶？抑万年万万年耶？殊不易别，故有第二别义。别义者，即经中所说小劫、中劫、大劫。若唯用一劫字，即指大劫而言；若作小劫、中劫时，即以小字中字标明故。大劫解释，经论不一，大抵谓世界经一度成住坏空为一大劫。但此世界，非仅吾人所居地球，一地球一日月轮等组成一小世界，乃由千小世界组成一小千世界，千小千世界组成一中千世界，千中千世界组成一大千世界。此千兆地球千兆日月轮所组成之大千世界，与天文学家所谓之星云系，星海系相等。此大千界最初空洞，渐次而成，渐次而住，渐次而坏；如一小孩，未生尚无此人为空，生后渐长至十八岁或二十岁为成，自二十至四五十之壮年为住，自是以后，渐趋衰老而至灭坏，复归于空。故其成非一朝而成，坏亦非一夕而坏也。经论中通说：由二十小劫，成一中劫；由四中劫成一大劫。一小劫假设以世界人类之岁月为标准而言，则如一个八万四千岁之人，经百年减一岁，乃至减至十岁，为一减；复由十岁倍增廿岁，廿岁倍增四十岁，如是增至八万四千岁，为一增；如是辗转一增一减为一小劫，此其时间已超吾人思量之境，则出二十小劫积成之中劫，八十小劫积成之大劫，其时间之渺远为何如矣！今言药师之功德，若一劫，若一劫余，皆说不尽，则其功德之无穷无尽可知矣。
复次、大劫由空而成，其先成者，为大梵天，由大梵天而成梵辅天，梵众天，而欲界诸天、而人间、而三恶趣；其坏时则先坏三途，次坏人间，次坏欲界诸天，次坏梵众，梵辅，最后坏大梵天；故成时则由上而下，坏时则由下而上也。而大梵居成之初，坏之后，故其寿命最长六十小劫。因此、大梵尝以世界之父主自居。但此不过一小世界主耳，非小千中千大千世界主也。然大梵既居为父为主之地位，能生万物，主宰万物，有此思想，有此理论，故在其下之众，亦奉之以为父为主，作为依归。但自佛教观之，彼大梵天虽为一小世界之主；实不为一小世界中众生之父，盖其六十小劫未生之前，亦由众缘和合，随业感报而生，六十小劫既坏之后，亦由业尽报终，众缘离散而灭。大梵因福业之胜，感受大梵天福报，福穷则大梵天之报亦灭，安有所谓纲维万物主宰万物者哉！
戊二 举西喻东
“然彼佛土，一向清净，无有女人，亦无恶趣，及苦音声；琉璃为地，金绳界道，城、阙、宫、阁，轩、窗、罗网，皆七宝成；亦如西方极乐世界，功德庄严，等无差别”。
此以西方极乐世界之功德庄严，喻东方琉璃之功德庄严，等无差别，故标名举东喻西。彼琉璃世界，因药师之愿力所成，一向清净；其教化众，若主若伴无有女人。古今学说，有以世界源清流浊，如中国之道教，明世界本自然虚无清净，后因刁巧讦诈，即流为浊；有以世界源浊流清，如西洋之进化论，谓自蠢浊野蛮进至文明优美，然皆不及琉璃世界，一向纯清洁净，绝诸杂染。又净土者，对秽土说，如娑婆秽土，以众生堪能忍苦得名，远非净土可比。无女人者，非指其土专有男人，盖男女乃相形相对而立，无女相故亦无男相，其土众生，纯属清净化身，无卑劣相，唯丈夫相，如色界天亦无女人；故其既无女形，即超欲界宇宙，以欲界为五趣杂居，一切皆有阴阳性故。阴阳性中含矛盾性，相反相成，由矛盾暂得统一调和而生，亦由矛盾终必分散离别而坏。由此欲界五趣杂居，如人同分中，有阴阳男女性别，阳胜阴劣，差别见生，乃至其余诸趣亦复如是；故唯净土无男女相，具足丈夫清净庄严相也。
恶趣者，有三恶趣，即地狱、饿鬼、畜生，若立阿修罗，即有四恶趣；但阿修罗福大，居天鬼之间，非专恶趣。又阿修罗，干达婆等，皆为杂趣所摄；彼佛国土，既超欲界，何有恶趣？即苦之音，亦不可得。弥陀经云：“彼佛国土，尚无恶道之名，何况有实”。东西虽别，净土一也。
其土清净，琉璃为地，往来之道，金绳为界。城、为聚居处之界垣，如本寺之围墙。阙、乃二重台观间之阙道，亦即城门上之楼屋。宫、为高深广大之厦。阁、为楼阁，乃屋宫上之小楼。轩、乃屋檐，屋檐间横屋亦曰轩；轩之本义，乃车前之檐高起者，故屋檐前高朗之屋，亦称为轩。窗、即窗户，亦通车轩上之窗户。罗网者，以宝丝网罗覆空中，亦通车上之幰盖。七宝者：金、银、琉璃、真珠、玛瑙、珊瑚、琥珀。七宝为世间所珍贵，举以喻其世界庄严，与西方之极乐相类。以此经恰说在《阿弥陀》或《无量寿》或《观无量寿经》后，故举极乐依报庄严以此观琉璃之依报庄严也。
戊三 赞伴显主
“于其国中，有二菩萨摩诃萨：一名日光遍照，二名月光遍照。是彼无量无数菩萨众之上首，次补佛处，悉能持彼世尊药师琉璃光如来正法宝藏”。
主、即药师，伴、乃辅弼左右之日、月二菩萨。药师功德不可思议，故赞其伴以显其主。
梵语刹多罗此言国，或言土，或言世界。但经中言国土世界，亦异亦同：如经中言摩竭提国、迦毗罗国等，则与今世所言之国家相等。若言药师佛国、极乐国土等，即与世界相类。此言于其国中，即指药师佛国。日光、月光，皆系正报庄严。前第一愿云：“愿我来世得阿褥多罗三藐三菩提时，自身光明，炽然照耀无量无数无边世界”至“令一切有情，如我无异”，是则其土佛及众生，皆已如琉璃，光明炽然，内外明彻；日月之光，如萤火耳，何足比耶？又如空居天以上自身有光，即不须日月。则日月之光，于今日吾人所居黑暗无光之地球照之则可，于琉璃世界则何须此耶？盖琉璃前当喻之如蔚蓝清空，此蔚蓝清空，固晶莹明洁，然若加之以日月光，则更显其清且明矣。故日月之名，乃依此土而立喻，显此二菩萨为彼众中之上首，位居等觉，次补佛处。如此界之文殊、弥勒，极乐之观音、势至，皆如众星中之日月也。又日光补药师之后，月光补日光之后；亦犹弥陀、观音、势至之相继。
正法宝藏者，诸佛之心印，众生之慧命，修行之途辙，非位居等觉之大士，焉能胜此传持不失之任？由信受药师之正法宝藏而得理解，由理解而实行，由实行前取证，方可谓之悉能受持。又正法住世，如佛日丽天。燃智慧炬，摧邪见幢，为无量功德法财所聚集之处，故曰宝藏。由有信解行证之人，方可传持流通，否则散失隐没，佛种不发；故药师之教化，即由是二菩萨之流传得以行世也。是二菩萨之功德如是，则其佛之功德更可显知矣。
丙三 劝信愿生彼
“是故曼殊室利！诸有信心善男子、善女人，应当愿生彼佛世界”。
既明彼佛依正庄严功德，故劝有情发愿求生。比丘、沙弥、优婆塞，皆得名善男子；比丘尼、沙弥尼、式叉摩那、优婆夷，皆得名善女人。此之七众弟子，若具信心，昔得往生琉璃世界。盖佛法如宝藏，非信手莫能入；信为道源功德母，长养一切诸善根。若信自心量同法界，十方佛土唯心所现，维摩诘经所谓：“众生心净故国土净；众生心垢故国土垢”；则是心是佛，是心作佛，发愿修行，求生不离自心之药师琉璃世界，何难之有？又、此经明佛果功德，劝信求生，亦如弥陀等经之劝发愿往生。复次、由修持故，感药师之加被，得现生之受用，则如真言密咒所明利益。故前言此经之通净、通密，信非虚也。上明此经体相文竟。
丙一 药师加被益
丁一 闻名利益
戊一 灭罪益
己一 灭贪吝罪得能施益
尔时、世尊，复告曼殊室刊童子言：“曼殊室利！有诸众生，不识善恶，惟怀贪吝，不知布施及施果报，愚痴无智，阙于信根，多聚财宝，勤加守护。见乞者来，其心不喜，设不获已而行施时，如割身肉，深生痛惜。复有无量坚贪有情，积集资财，于其自身尚不受用，何况能与父母、妻子、奴婢作使，及来乞者？彼诸有情，从此命终生饿鬼界，或傍生趣。由昔人间曾得暂闻药师琉璃光如来名故，今在恶趣，暂得忆念彼如来名，即于念时从彼处没，还生人中；得宿命念，畏恶趣苦，不乐欲乐，好行惠施，赞叹施者，一切所有悉无贪惜，渐次尚能以头目手足血肉身分施来求者，况余财物？”
此乃正说分中第二明机益，说明当机众生所获之利益，为药师如来因果功德体上所起之妙用；故明机益之文，亦为此经最要之义。
此明灭贪吝得能施益：善之与恶，原本一心，众生之不识善恶，即不识自心。以不识自心，迷心为境，逐物流转，惟怀贪吝，正显迷境逐物也。例如资生财务，不过为维持此五蕴假聚身心一期之生活而已，通此即为无用。况资生财物经济之来源，非少数人力所构成，乃全社会共业所给予者；于维持个己或家庭之生活外，而起无厌追求聚敛积货，而自傲为豪富者，其为无智愚人可知。第一、不知布施及施果报之社会经济的构成，社会经济原为维持全社会人群生活之幸福，倘被少数人聚敛集中，则多数人必失其生活维持之能力，引起劳资之斗争，毁灭人生之幸福，此为不布施及不布施必然之果报。究其致此原因，由于第二愚痴无智，阙于信根，于人生价值未有认识之故。盖吾人之五蕴假聚之身，及维持此生活之资生财物，无非由众缘所成，决不能离开一切而独生活于天地间。我既如是，他人亦然，缘缘相涉，无少偏倚，何处有我？何处有人？何处有物？故能了知一切诸法自性皆空。而人生之最有价值者，是在此众缘中，参透此人生之真相，方得卓立在人生最高峰之上，而为随流把得定之人也。阙无信根之人，于人生真谛，无尊崇信仰之心，无超绝之智慧以了达人生之真相，起我相、人相、物相，于己所无者起贪求业，多聚财宝；于己所有者起鄙吝业，勤加守护，所谓“拔一毛利天下而不为也”。设处于强有力者之下，非行施不可时，亦唯有忍痛割与而已。然财物原为资持生活而产生，世亦有人貌似乞儿，富堪敌国，刻薄寡恩，涓滴不漏者，不唯失其资生为财之意义，实亦失其人之所以为人之真意义！此愚痴贪吝之人，生既有害于社会，死固当堕于饿鬼、傍生之道矣！
由昔人间下，正明灭罪得益。由药师如来本愿功德之力，虽此人贪吝业重，但能暂闻彼佛名号，播入阿赖耶识田中，以佛之愿力加持故，赖耶识中之佛种子，得起现行，脱恶趣苦，还生人中，得宿命念。此宿命念，即能引发智慧，了达人生之真相──事物缘起之原理──故能一反前生贪吝之业，好行惠施，乃至不惜身命布施。布施之境造诣乎此，必已达五蕴、十八界、十二处、乃至一切诸法无实我无实法，缘生性空之我法二空智，故能舍国城如敝屣，施头目如弃唾，饶益众生，净佛国土。是谓知布施及施果报之得益者。究其发心之动机，及中间维扶之力，皆由药师如来本愿功德威神加被而致也。
己二 灭毁犯罪得持戒益
“复次、曼殊室利！若诸有情，虽于如来受诸学处，而破尸罗；有虽不破尸罗而破轨则；有于尸罗、轨则，虽则不坏，然毁正见；有虽不毁正见而弃多闻，于佛所说契经深义不能解了；有虽多闻而增上慢，由增上慢覆蔽心故，自�